使用 Cutadapt 实现配对末端读取的自动化

Question

我正在尝试使用 cutadapt 自动化我的双端读取，但我一直遇到同样的问题 - 适配器是 trim正向读取的，而不是反向的。根据文档修改代码后，问题依旧。如果我只 trim 单独的正向或反向，它可以工作，但不能作为双端作业。

这是我的代码：

cat ids.txt | parallel 'cutadapt -j 24 -a AGATCGGAA --interleaved {}_R1.fq.gz {}_R2.fq.gz | cutadapt -j 24 -a AGATCGGAA --interleaved -o {}clipped_R1.fq.gz -p {}clipped_R2.fq.gz -'

有人知道如何修改此代码以使其正常工作吗？我做错了什么？

Answer 1

仔细查看cutadapt文档，有专门的一章是关于双端比对的。您正在寻找 -A.

您还把 --interleaved 参数搞砸了：如果读取是交错的，为什么要给出两端？我不确定你想达到什么目的，但我敢打赌你有一个额外的 cutadapt 调用。

我猜你正在尝试这样的事情：

cat ids.txt | parallel 'cutadapt -j 24 -a AGATCGGAA -A <proper_adaptor> -o {}clipped_R1.fq.gz -p {}clipped_R2.fq.gz {}_R1.fq.gz {}_R2.fq.gz'

使用 Cutadapt 实现配对末端读取的自动化

Automation for paired end reads with Cutadapt

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