从 jupyter docker stack 在 docker 中安装 %%R cell magic

install %%R cell magic in docker from jupyter docker stack

我尝试从 docker 堆栈安装 datascience jupyter docker image(标签 45b8529a6bfc,最后更新于 2019 年 2 月 14 日)。我的整个 docker 文件:

FROM jupyter/datascience-notebook:45b8529a6bfc
USER $NB_UID

当我打开一个新的带有 R 内核的 Jupyter notebook 时,笔记本运行正常。当我在 ipython 笔记本中尝试 %%R 细胞魔法时,它不起作用:

%%R
3+4
UsageError: Cell magic `%%R` not found.

我在各种 Whosebug 答案和互联网搜索中徘徊,尝试安装 rpy2(它已经安装)。没用。

建议?

在尝试使用之前加载 jupyter 扩展:

%load_ext rpy2.ipython

我按照@lgautier 的建议尝试了 %load_ext rpy2.ipython,但收到错误消息 No module named 'simplegeneric'。一旦我 pip 安装了 simplegeneric,一切正常,我不需要 load_ext 语句。

不确定为什么 dockerfile 没有安装 simplegeneric,但你已经安装了它。