R聚类-带有观察标签的轮廓

Question

我使用 R 中的 cluster 包进行层次聚类。使用 silhouette 函数，我可以获得任何给定高度 (h) 截止值的聚类输出轮廓图树状图。

# run hierarchical clustering
if(!require("cluster")) { install.packages("cluster");  require("cluster") } 
tmp <- matrix(c( 0,  20,  20,  20,  40,  60,  60,  60, 100, 120, 120, 120,
                 20,   0,  30,  50,  60,  80,  40,  80, 120, 100, 140, 120,
                 20,  30,   0,  40,  60,  80,  80,  80, 120, 140, 140,  80,
                 20,  50,  40,   0,  60,  80,  80,  80, 120, 140, 140, 140,
                 40,  60,  60,  60,   0,  20,  20,  20,  60,  80,  80,  80,
                 60,  80,  80,  80,  20,   0,  20,  20,  40,  60,  60,  60,
                 60,  40,  80,  80,  20,  20,   0,  20,  60,  80,  80,  80,
                 60,  80,  80,  80,  20,  20,  20,   0,  60,  80,  80,  80,
                 100, 120, 120, 120,  60,  40,  60,  60,   0,  20,  20,  20,
                 120, 100, 140, 140,  80,  60,  80,  80,  20,   0,  20,  20,
                 120, 140, 140, 140,  80,  60,  80,  80,  20,  20,   0,  20,
                 120, 120,  80, 140,  80,  60,  80,  80,  20,  20,  20,   0),
                 nr=12, dimnames=list(LETTERS[1:12], LETTERS[1:12]))

cl <- hclust(as.dist(tmp,diag = TRUE, upper = TRUE), method= 'single')
sil_cl <- silhouette(cutree(cl, h=25) ,as.dist(tmp), title=title(main = 'Good'))
plot(sil_cl)

这就给出了下图，这是让我很郁闷的一点。 我如何在轮廓图中使用观察标签 rownames(tmp) 而不是数字索引（1 到 12）——这对我来说毫无意义。

Answer 1

我不确定为什么 silhouette 调用似乎删除了行名称。您可以使用

重新添加它们

cl <- hclust(as.dist(tmp,diag = TRUE, upper = TRUE), method= 'single')
sil_cl <- silhouette(cutree(cl, h=25) ,as.dist(tmp), title=title(main = 'Good'))

rownames(sil_cl) <- rownames(tmp)

plot(sil_cl)

Answer 2

我发现将参数 cex.names = par("cex.axis") 添加到 plot() 函数可以得到所需的标签：

cl <- hclust(as.dist(tmp,diag = TRUE, upper = TRUE), method= 'single')
sil_cl <- silhouette(cutree(cl, h=25) ,as.dist(tmp), title=title(main = 'Good'))


plot(sil_cl, cex.names = par("cex.axis"))

R聚类-带有观察标签的轮廓

R clustering- silhouette with observation labels

r

plot

cluster-analysis