替换字符的 Pythonic 方式

Pythonic way to replace chars

我想使用 pythonic 方法替换字符串中的一些字符。

A -> T
C -> G
G -> C
T -> A

示例:

AAATCGATTGAT

会变身

TTTAGCTAACTA

我做了什么:

def swap(string):
    string = re.sub('A', 'aux', string)
    string = re.sub('T', 'A', string)
    string = re.sub('aux', 'T', string)
    string = re.sub('C', 'aux', string)
    string = re.sub('G', 'C', string)
    string = re.sub('aux', 'G', string)

    return string

效果很好,但我正在寻找一种更符合 pythonic 的方法来实现它。

使用具有理解力的字典 str.join:

translateDict = {
  "A" : "T",
  "C" : "G",
  "G" : "C",
  "T" : "A"
}

s1 = "AAATCGATTGAT"
reconstructed = "".join(translateDict.get(s, s) for s in s1)

这里有 live example

注意dict.get的使用;如果该字母不在字典中,我们就让它保持原样。

正如@bravosierra99 所建议的,您也可以简单地使用 str.translate:

reconstructed = s1.translate(string.maketrans(translateDict))

这是对当前接受的Chepner 已删除答案的重构,它只调用maketrans一次。

tt = str.maketrans({"A":"T", "C":"G", "G":"C", "T": "A"})
for s1 in "AGACAT", "TAGGAC", "ACTAGAA":
    print(s1.translate(tt))

也许还指出您可以链接 replace 的结果,尽管这仍然笨拙且效率低下:

def acgtgca(s1):
    return s1.replace(
        "A", "\ue0fa").replace(
        "G", "\ue0fb").replace(
        "C", "G").replace(
        "T", "A").replace(
        "\ue0fb", "C").replace(
        "\ue0fa", "T")

这避免了使用“aux”作为支持 Unicode 中的两个任意字符的特殊标记 Private Use Area

但同样,maketrans 方法更简洁、更高效。