从 R 中的 igraph 对象中提取带条件的边列表

Question

我正在使用由不同类型的节点组成的无向 igraph 对象（例如，黄色的男性 M 和橙色的女性 F）：

g <- graph.atlas(711)
V(g)$name <- 1:7
V(g)$gender <- c("M","F","M","M","M","F","F")
V(g)$color <- ifelse(V(g)$gender=="F", "orange","yellow")
g<-delete.edges(g, E(g, P=c(1,2,2,3,2,7,7,6,7,3,3,4,3,5,4,5,5,6,6,1))) 
g<-add.edges(g,c(1,4,4,5,5,1,4,7,7,3,3,5,5,7,2,7,7,6,6,2,6,4))
plot(g)

我想提取一个由连接不同类型（男性和女性）节点的边组成的边列表：

edgelist <- rbind(c(3,7),
               c(4,6),
               c(4,7),
               c(5,7))

assortativity 使用连接 M 和 F 类型顶点的边的分数，但我不知道要显式提取这些边。

get.edgelist 仅 returns 整个边缘列表，无法设置条件。

Answer 1

edges = get.edgelist(g)
edges[rowSums(apply(edges, 2, function(x) get.vertex.attribute(g, "gender", x)) == "M") == 1,]
#     [,1] [,2]
#[1,]    4    7
#[2,]    3    7
#[3,]    5    7
#[4,]    4    6

Answer 2

您可以使用 %--% 选择器来查找连接男性节点和女性节点的边。例如

E(g)[V(g)[gender=="M"] %--% V(g)[gender=="F"]]

V(g)[gender=="M"] 找到所有 "male" 节点，V(g)[gender=="F"] 找到所有女性节点，%--% 找到两组之间的所有边。

从 R 中的 igraph 对象中提取带条件的边列表

Extracting an edge list with conditions from an igraph object in R

attributes

r

edge-detection

igraph