无法在 Linux CentOS 7 上安装 R oligo 和 RCurl 包

Question

我正在尝试在装有 Linux CentOS 7 的笔记本电脑上安装 Bioconductor oligo R 软件包。无法通过常见的Bioconductor安装命令安装，因为它说RCurl是为anoter Rversion安装的，需要重新安装。

我尝试通过命令安装它：install.packages("RCurl") 但不幸的是它没有用。

这是日志：

Error: package or namespace load failed for ‘RCurl’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
 unable to load shared object '/home/davide/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.5/RCurl/libs/RCurl.so':
  libiconv.so.2: cannot open shared object file: No such file or directory
Error: loading failed

Execution halted ERROR: loading failed
* removing ‘/home/davide/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.5/RCurl’

The downloaded source packages are in   ‘/tmp/RtmpAcmmPE/downloaded_packages’ Warning message: In install.packages("RCurl") :   installation of package ‘RCurl’ had non-zero exit status

知道如何让它发挥作用吗？

Answer 1

我能够通过安装 miniconda 并使用其 R 版本在 R 中安装 RCurl 和 oligo 包。

这是我所做的：

我从他们的 website 下载了 miniconda 安装程序（我的案例是 64-bit (bash installer))
我把文件设为可执行，然后执行了。在 shell 终端上，我运行:
chmod 777 ./Downloads/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

./Downloads/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
我对 miniconda 提示我的所有问题都回答是。
一旦安装了 miniconda，我运行 R: R
然后我重新安装了 RCurl：install.packages("RCurl");
然后我安装了oligo:

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))

install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("oligo", version = "3.8")

这样对我来说一切都很好。我希望它可以帮助其他人！

无法在 Linux CentOS 7 上安装 R oligo 和 RCurl 包

Failing to install R oligo and RCurl packages on Linux CentOS 7

r

linux

rcurl

bioconductor