使用 ggmap 的物种丰度图 -> 如何适当调整点的大小

Question

我想用 ggmap 创建一个地图，您可以在其中查看哪个物种在哪里找到了多少次。 "how many" 应该用 point/bubble 的大小来表示。但我可以想象用颜色表示（如热图）也可以，然后通过塑造点来分离物种。到目前为止我得到了什么：对于背景图：

B<-get_map(location = c(lon = -56.731405, lat =-61.4831206),
           zoom = 6, 
           scale = "auto",
           maptype = c("terrain"),
           source = c("google"))

对于散点图：

D<-ggmap(B) + 
geom_point(data=Anatomy,
aes(x=Anatomy$Longitude,y=Anatomy$Latitude,
color=Species,
size=??) +
scale_size_continuous(range=c(1,12))

我的数据=解剖学看起来像这样：

  Species Lat Long Station
1       A  50   60       I
2       A  50   60       I
3       A  40   30      II
4       B  50   60       I
5       B  40   30      II
6       C  50   60       I
7       C  10   10     III
8       C  10   10     III
9       C  40   30      II

我的想法是使用 dplyr 并按行过滤并以某种方式对类别求和。或者你怎么看？您认为这是呈现这些数据的最佳方式吗？

Answer 1

欢迎使用 Whosebug！为了帮助人们帮助你，你应该努力提供一个reproducible example。例如，这里是您数据的一小段代码摘录：

library(tidyverse)
Anatomy <- tribble(~Species,  ~Lat, ~Long, ~Station,
                "A",  50,   60,       "I",
                "A",  50,   60,       "I",
                "A",  40,   30,      "II",
                "B", 50,   60,       "I",
                "B",  40,   30,      "II")

您的 data/code 有几个问题：

投影：您很可能需要重新投影数据。只看坐标，你的点是50、60，而地图显示-50、-60。找出投影，并使用 sf

st_transform

引用变量：你不需要像Anatomy$Latitude那样再次调用数据框。只需使用 Latitude。另外 latitude 实际上是 lat 在你的数据中！？
聚合：我建议只使用 count() 函数来查看每个站点的观测数量。

这是一段代码。注意我只是将 (60, 50) 反转为 (-60, -50) 这显然是错误的！

library(ggmap)
#> Loading required package: ggplot2
#> Google's Terms of Service: https://cloud.google.com/maps-platform/terms/.
#> Please cite ggmap if you use it! See citation("ggmap") for details.
library(tidyverse)

B<-get_map(location = c(lon = -56.731405, lat =-61.4831206),
           zoom = 6, 
           scale = "auto",
           maptype = c("terrain"),
           source = c("google"))

library(tidyverse)
Anatomy <- tribble(~Species,  ~Lat, ~Long, ~Station,
                "A",  50,   60,       "I",
                "A",  50,   60,       "I",
                "A",  40,   30,      "II",
                "B", 50,   60,       "I",
                "B",  40,   30,      "II") 

Anatomy_clean <- Anatomy %>% 
  mutate_at(c("Lat", "Long"), funs(-1*.)) %>% 
  count(Species, Lat, Long, Station)
#> Warning: funs() is soft deprecated as of dplyr 0.8.0
#> please use list() instead
#> 
#> # Before:
#> funs(name = f(.)
#> 
#> # After: 
#> list(name = ~f(.))
#> This warning is displayed once per session.


ggmap(B) + 
  geom_point(data=Anatomy_clean,
             aes(x= Lat,y=Long, color=Species, size= n)) +
  scale_size_continuous(range=c(1,12))
#> Warning: Removed 2 rows containing missing values (geom_point).

使用 ggmap 的物种丰度图 -> 如何适当调整点的大小

Abundance map of species with ggmap -> How to adjust sice of points adequate

bubble-chart

r

ggplot2

ggmap