无法使用 python + h5py 访问外部 link

Question

最近我开始使用 .hdf5 个文件，但仍然不知道如何正确使用外部链接。

我有几个 .hdf5 文件。每个文件都有相同的结构，例如相同的键和数据类型。我想将它们合并到一个文件中，但将它们分开，每个文件使用不同的密钥。

这是我的做法：

myfile = h5py.File("/path_to_the_directory/merged_images.hdf5", 'w')
myfile['0.000'] = h5py.ExternalLink("img_000.hdf5", "/path_to_the_directory/images")
myfile['0.001'] = h5py.ExternalLink("img_001.hdf5", "/path_to_the_directory/images")
myfile.flush()

然后我尝试阅读它：

myfile = h5py.File("/path_to_the_directory/merged_images.hdf5", 'r')
keys = list(myfile.keys())
print(keys)
print(list(myfile[keys[0]]))

行 print(keys) 给了我 ['0.000', '0.001']。所以，我相信文件的结构没问题。

接下来的几行给了我一个例外： KeyError: "Unable to open object (unable to open external file, external link file name = 'img_000.hdf5')"

我是不是做错了什么？文档很差，我没有在那里找不到相关的用例。

Answer 1

问题是您混淆了路径。区分两种类型的路径很重要：

文件路径（硬盘上的位置）。
数据集路径：此路径是 HDF5 文件的内部路径，不取决于您存储文件的位置。

h5py.ExternalLink的语法，如the documentation所述，是：

myfile['/path/of/link'] = h5py.ExternalLink('/path/to/file.hdf5', '/path/to/dataset')

Thereby I would like to encourage you to use a relative file path for the ExternalLink. If you do that, then everything will continue to work even if you move the collection of files to a new location on your hard drive (or give them to somebody else).

使用正确的路径，您的示例可以正常工作，如下所示。

请注意，为了说明我对相对文件路径的评论，我将数据集的所有路径设为绝对路径（这些仅在文件内部，不依赖于文件的存储位置在硬盘驱动器上），同时我保持 文件路径相对 。

import h5py
import numpy as np

myfile = h5py.File('test_a.hdf5', 'w')
myfile['/path/to/data'] = np.array([0,1,2])
myfile.close()

myfile = h5py.File('test_b.hdf5', 'w')
myfile['/path/to/data'] = np.array([3,4,5])
myfile.close()

myfile = h5py.File('test.hdf5', 'w')
myfile['/a'] = h5py.ExternalLink('test_a.hdf5', '/path/to/data')
myfile['/b'] = h5py.ExternalLink('test_b.hdf5', '/path/to/data')
myfile.close()

myfile = h5py.File('test.hdf5', 'r')
keys = list(myfile.keys())
print(keys)
print(list(myfile[keys[0]]))
print(list(myfile[keys[1]]))
myfile.close()

打印（如预期）：

['a', 'b']
[0, 1, 2]
[3, 4, 5]

无法使用 python + h5py 访问外部 link

Can't access external link with python + h5py

python

hdf5

python-3.x

h5py

hdf