R - 如何提取二进制矩阵中组之间的唯一交集？

Question

亲爱的 Whosebug 用户，

我是使用 R 语言分析生物数据的初学者，我正面临一个我无法解决的问题 - 也许更有经验的人可以帮助我解决这个问题？

我有一个大型数据框，它是一个二进制矩阵。每行代表一个不同的基因；每列在实验中的不同条件。

细胞中的“1”表示基因存在于给定条件下， “0”表示该基因不存在。

如何获得一个向量，其中行的行名仅在给定列中包含“1”，而在其他列中不包含“1”（即，在该条件下唯一存在的基因？）

以及如何获得一个向量，其中行的行名在指定的一组列中包含“1”，但在所有其他列中包含“0”（即，在条件/列 1 中唯一存在的基因，例如 2 和 5？

期待您的建议！

非常感谢:-)

Answer 1

这里有可能使用 tidyverse 包。由于您没有提供任何数据，我创建了一些虚拟数据，如下所示：

编辑：我包含了行名

> mydata
      A B C D E
id_1 0 1 1 0 0
id_2 0 1 0 1 0
id_3 1 1 1 1 0
id_4 1 0 0 0 0
id_5 0 0 1 1 1
id_6 1 0 1 0 0

所以我有 6 行（名为 id_1 到 id_6）和 5 列，名为 A 到 E。

假设我要筛选 "B" 和 "D" 等于 1 且其他列等于零的所有行。可以这样做：

library(tidyverse)
mydata %>% as_tibble(rownames = "id") %>% 
  filter_at(vars(c("B", "D")), all_vars(. == 1)) %>% 
  filter_at(vars(-c("B", "D", "id")), all_vars(. == 0))

# A tibble: 1 x 6
  id        A     B     C     D     E
  <chr> <int> <int> <int> <int> <int>
1 id_2     0     1     0     1     0

R - 如何提取二进制矩阵中组之间的唯一交集？

R - How to extract unique intersections between groups in a binary matrix?

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