将颜色渐变应用于 ggraph 的 `geom_conn_bundle`

Question

上下文

我正在使用 ggraph 在圆形树状图中排列节点（树的叶子），然后在一些节点之间添加连接（使用 geom_conn_bundle 使用分层捆绑）：

library(ggraph)
library(igraph)

# Example data
edges <- data.frame(from="root", to=paste("leaf", seq(1,100), sep=""))
vertices <- data.frame(name = unique(c(as.character(edges$from), as.character(edges$to))) ) 
tree <- graph_from_data_frame( edges, vertices=vertices )

# Drawing nodes
pr <- ggraph(tree, layout = "dendrogram", circular = TRUE) + 
    geom_edge_diagonal(alpha = 0.2)

# Example connection
pr <- pr + geom_conn_bundle(
    data = get_con(from = 23, to = 42),
    alpha=0.8, 
    width=3, 
    colour="skyblue", 
    tension = 0.9
)
print(pr)

这很好地显示了一个几乎透明的树状图和 skyblue 中的一些（在这个例子中是一个）连接。

问题/期望的输出

不过，我想要的是由颜色渐变（即从绿色开始，慢慢变为红色）指示的连接方向，而不是仅以一种颜色（天蓝色）显示连接。如何使用 R 和 ggraph 的 geom_conn_bundle?

实现这样的颜色渐变

以下摘自 Holten (2006) 的内容可以作为我希望的连接外观的示例：

Answer 1

几个用于绘制边缘的 ggraph geom，包括 geom_conn_bundle 和 geom_edge_diagonal，具有计算的索引统计信息。它是一个从 0 到 1 的数字，表示一个点沿边缘的距离。请注意，这些 geoms (geom_*0) 的简化版本不会计算它。 ggraph 作者在 this blog post 中提到了它。

在这种情况下，将索引 stat(index) 映射到包 aes 内的颜色，然后使用 (scale_edge_color_gradient，而不是我最初设置的 scale_color_gradient 设置渐变比例试过）。

在示例图片中，我无法判断宽度是否也缩放了，但同样可以，例如edge_width = stat(index).

library(ggraph)
library(igraph)

ggraph(tree, layout = "dendrogram", circular = TRUE) + 
  geom_edge_diagonal(alpha = 0.2) + 
  geom_conn_bundle(aes(color = stat(index)),
    data = get_con(from = 23, to = 42),
    alpha=0.8, 
    width=3,
    # colour="skyblue", 
    tension = 0.9
  ) +
  scale_edge_color_gradient(low = "green", high = "red")

^{由 reprex package (v0.2.1)}

于 2019-03-09 创建

将颜色渐变应用于 ggraph 的 `geom_conn_bundle`

Apply color gradient to ggraph's `geom_conn_bundle`

r

ggplot2

gradient

linear-gradients

ggraph