命名空间中的并行 Worker

Question

此示例是先前 post 的后续示例。我正在尝试将 Parallel Worker 移动到它自己的 cpp 文件中，并在头文件中声明它。

两个错误如下： 1）变量类型'ExampleInternal::PARALLEL_WORKER'是一个抽象class

在我不可复制的例子中： 2) 错误：Parallel_worker.cpp 文件中 'ExampleInternal::PARALLEL_WORKER{' 行的预期不合格 ID。

现在代码如下所示：

ExampleInternal.h

#ifndef ExampleInternal_H
#define ExampleInternal_H

namespace ExampleInternal{

#include <RcppArmadillo.h>
#include <RcppParallel.h>

double myfunc3(arma::vec vec_in){

  int Len = arma::size(vec_in)[0];
  return (vec_in[0] +vec_in[1])/Len;
}

struct PARALLEL_WORKER : RcppParallel::Worker{};

}


#endif

Parallel_Worker.cpp

#include <RcppArmadillo.h>
#include <RcppParallel.h>
#include <random>
#include "ExampleInternal.h"

using namespace RcppParallel;
using namespace ExampleInternal;

namespace ExampleInternal{

ExampleInternal::PARALLEL_WORKER{

  const arma::vec &input;
  arma::vec &output;

  PARALLEL_WORKER(const arma::vec &input, arma::vec &output) : input(input), output(output) {}

  void operator()(std::size_t begin, std::size_t end){


    std::mt19937 engine(1);

    // Create a loop that runs through a selected section of the total Boot_reps
    for( int k = begin; k < end; k ++){
      engine.seed(k);
      arma::vec index = input;
      std::shuffle( index.begin(), index.end(), engine);

      output[k] = ExampleInternal::myfunc3(index);
    }
  }

};

} //Close Namespace

Parallel_func.cpp

#include <RcppArmadillo.h>
#include <RcppParallel.h>
#include "ExampleInternal.h"
using namespace ExampleInternal;

// [[Rcpp::export]]
arma::vec Parallelfunc(int Len_in){

  arma::vec input = arma::regspace(0, 500);
  arma::vec output(Len_in);

  ExampleInternal::PARALLEL_WORKER parallel_woker(input, output);
  parallelFor( 0, Len_in, parallel_woker);
  return output;
}

Answer 1

您需要正确区分结构的声明和定义。 header 文件中的声明包含成员变量和方法签名。

namespace ExampleInternal{

struct PARALLEL_WORKER : RcppParallel::Worker{
  const arma::vec &input;
  arma::vec &output;

  PARALLEL_WORKER(const arma::vec &input, arma::vec &output);
  void operator()(std::size_t begin, std::size_t end);

};
}

然后在 cpp 文件中定义方法：

namespace ExampleInternal{

  PARALLEL_WORKER::PARALLEL_WORKER(const arma::vec &input, arma::vec &output) : input(input), output(output) {}

  void PARALLEL_WORKER::operator()(std::size_t begin, std::size_t end){

    std::mt19937 engine(1);

    // Create a loop that runs through a selected section of the total Boot_reps
    for( std::size_t k = begin; k < end; k ++){
      engine.seed(k);
      arma::vec index = input;
      std::shuffle( index.begin(), index.end(), engine);

      output[k] = ExampleInternal::myfunc3(index);
    }
  }


} //Close Namespace

我必须做一些更多的更改才能在没有警告的情况下编译所有内容（header 中定义的函数应该是 inline 等）。https://github.com/rstub/Whosebug/tree/master/55082456 中的完整详细信息。请注意，某些更改仅在包的 Rcpp 属性外部的上下文中才有意义。顺便说一句，由于你没有提供测试数据，所以我只验证了编译，没有正确运行。

Answer 2

作为跟进。要将 myfunc3 移动到单独的 .cpp 文件，我需要将 RcppParallel header 包含到 myfunc3.cpp 文件中。我也不必添加 'inline'.

myfunc3.cpp

#include <RcppArmadillo.h>
#include <RcppParallel.h>
#include "ExampleInternal.h"

using namespace arma;

namespace ExampleInternal{

double myfunc3(arma::vec vec_in){

  int Len = arma::size(vec_in)[0];
  return (vec_in[0] +vec_in[1])/Len;
}

} // Close namespace

和ExampleInternal.h

#ifndef ExampleInternal_H
#define ExampleInternal_H

namespace ExampleInternal{

#include <RcppArmadillo.h>
#include <RcppParallel.h>

double myfunc3(arma::vec vec_in);

struct PARALLEL_WORKER : RcppParallel::Worker{
  const arma::vec &input;
  arma::vec &output;
  PARALLEL_WORKER( const arma::vec &input, arma::vec &output);
  void operator()(std::size_t begin, std::size_t end);
};

}

#endif

命名空间中的并行 Worker

Parallel Worker in namespace

r

rcpp

rcppparallel

rcpparmadillo