R EnvironmentError: Could not find Ghostscript on path. RWebLogo

Question

我运行遇到了一个我无法以任何方式解决的奇怪问题，我希望这里的人可以更好地理解问题所在；

由于同样缺少 Ghostscript 错误，我无法使用 RWebLogo 包 - 即使是运行最简单的示例。

例如运行宁：

library(RWebLogo)
aln <- c('CCAACCCAA', 'CCAACCCTA', 'AAAGCCTGA', 'TGAACCGGA')
weblogo(seqs=aln, file.out='mylogo.pdf')

引发此错误：

Traceback (most recent call last):
  File "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RWebLogo/extdata/weblogo-3.3/weblogo", line 71, in <module>
    weblogolib._cli.main()
  File "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RWebLogo/extdata/weblogo-3.3/weblogolib/_cli.py", line 82, in main
    formatter(data, format, opts.fout)
  File "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RWebLogo/extdata/weblogo-3.3/weblogolib/__init__.py", line 757, in pdf_formatter
    gs = GhostscriptAPI()    
  File "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RWebLogo/extdata/weblogo-3.3/weblogolib/__init__.py", line 196, in __init__
    raise EnvironmentError("Could not find Ghostscript on path."
EnvironmentError: Could not find Ghostscript on path. There should be either a gs executable or a gswin32c.exe on your system's path

我已经在终端中使用 configure/make/install 安装了 ghostscript ver 9.15，然后将 PATH 添加到 bash 配置文件并执行了它。当我运行 gs 在终端工作时，确认它已设置为系统路径，但仍然出现相同的错误。即使重启后。

我尝试直接将 gs 添加到 R 中的环境中：

Sys.setenv(R_GSCMD = "/Applications/ghostscript-9.15/bin/gs")

这也没有帮助...给出完全相同的错误。当我搜索 R 环境时，它显示 gs 在那里。

重要版本信息：

MAC: OS Yosemite 10.10.1;
R version 3.1.1 (2014-07-10);
Platform: x86_64-apple-darwin10.8.0 (64-bit); 
RWebLogo_1.0.3

您是否知道可能导致此问题的任何问题？我是编程新手，所以我担心我可能会遗漏一些基本的东西。如果有任何建议，我将不胜感激。谢谢！

Answer 1

我已经与 RWebLogo 的作者 Omar 取得了联系，他在查明我的问题并解决问题方面非常有帮助。

首先，他建议运行终端上的测试序列上的 RWebLogo： /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RWebLogo/extdata/weblogo-3.3/weblogo -f test_seqs.txt -o ~/Desktop/out.pdf -F pdf

将上面脚本的基本目录（extdata/weblogo …之前的所有内容）更改为以下命令在 R 中为您提供的任何内容：

system.file(package = 'RWebLogo')

我运行它得到了一个新的错误：缺少 numpy。我实际上安装了 numpy 但没有完全用户权限。重新安装 numpy 后，RWebLogo 已从终端成功运行ning。

RStudio 仍然抛出 GhostScript 错误。 Omar 建议旧版本的 RStudio 运行ning 在 Yosemite 上存在问题（我目前有 10.10.1），并向我发送了 link 到更新的 RStudio 版本，其中问题已解决。

http://www.r-bloggers.com/r-and-rstudio-incompatibility-with-yosemite-mac-os-x-10-10/

我得到了更新的 RStudio，现在一切都很好。希望这对遇到类似问题的人有所帮助！

R EnvironmentError: Could not find Ghostscript on path. RWebLogo

R EnvironmentError: Could not find Ghostscript on path. RWebLogo

r

bash

ghostscript

sequence-alignment

user-environment