使用 python 的子字符串 multifasta 文件

Question

我正在尝试从 multifasta 文件中从位置 2 到 8（microRNA 的种子）提取序列。为此，我编写了一个 python 小脚本。该脚本有效，但我无法编写输出文件。谁能帮助我或指出正确的方向？

谢谢

脚本：

from Bio import SeqIO
for index, record in enumerate(SeqIO.parse("file.fasta","fasta")):
    seed= record.seq[1:8]
    a = (print(">" + record.id + '\n\ + seed)

输出：

>aga-miR-12417-5p
AGUCGUU
>aga-miR-12418-3p
GUUCGAU
>aga-miR-12419-5p
GCUGUUC

Answer 1

您只需要使用SeqIO.write()，这将是与您当前结构最相似的方式：

from Bio import SeqIO

with open("out_file.fasta", "w") as out_f:
    for index, record in enumerate(SeqIO.parse("file.fasta","fasta")):
        record.seq = record.seq[1:8]
        SeqIO.write(record, out_f, "fasta")

Answer 2

如果您只需要写入一个简单的纯文本文件，您可以这样做：

from Bio import SeqIO
with open('output_file', 'w') as output:
    for index, record in enumerate(SeqIO.parse("file.fasta","fasta")):
        seed= record.seq[1:8]
        output.writeline(">" + record.id)
        output.writeline(seed)

使用 python 的子字符串 multifasta 文件

Substring multifasta file using python

python

substring

bioinformatics

biopython

fasta