我如何告诉 R 将函数应用于多个数据？

Question

这个作品我堆了好久，尝试了很多方法都没有成功。

我想要的是将以下 4 个函数应用于 for 循环或 R 中的任何内容的 30 个不同数据（data1,2,3,...data30）。这些数据集具有相同的 (10) 列编号和不同的行.

这是我为第一个数据（data1）编写的代码。它运作良好。

for(i in 1:nrow(data1)){
  data1$simp <-diversity(data1$sp, "simpson")
  data1$shan <-diversity(data1$sp, "shannon")
  data1$E <- E(data1$sp)
  data1$D <- D(data1$sp)
}

我想将此代码应用于其他 29 个数据，以免重复该过程 29 次。

下面是我现在想做的代码。但还是不对。

data.list <- list(data1, data2,data3,data4,data5)
for(i in data.list){
  data2 <- NULL
  i$simp <-diversity(i$sp, "simpson")
  i$shan <-diversity(i$sp, "shannon")
  i$E <- E(i$sp)
  i$D <- D(i$sp)
  data2 <- rbind(data2, i)
  print(data2)
}

所以我想问一下如何告诉 R 将函数应用于其他 29 个数据？

提前致谢！

Answer 1

有很多选项，这里是仅使用基本函数的选项：

data.list <- list(data1, data2, data3, data4, data5)
changed_data <- lapply(data.list, function(my_data) {
    my_data$simp <-diversity(my_data$sp, "simpson")
    my_data$shan <-diversity(my_data$sp, "shannon")
    my_data$E <- E(my_data$sp)
    my_data$D <- D(my_data$sp)
    my_data})

Answer 2

如果我理解这个问题，那么您最终是在询问您的 'data2' 变量以及如何将它们合并在一起？我认为您遇到的问题是您在每次循环迭代中设置 data2 <- NULL 。下面提议的解决方案将此定义移到循环之外，并且对 rbind() 的调用现在应该将所有数据帧一起附加到 return 合并数据集。

data.list <- list(data1, data2,data3,data4,data5) #all 29 can go here
data2 <- NULL
for(i in data.list){

  i$simp <-diversity(i$sp, "simpson")
  i$shan <-diversity(i$sp, "shannon")
  i$E <- E(i$sp)
  i$D <- D(i$sp)
  data2 <- rbind(data2, i)
}
print(data2)

Answer 3

您可以使用 Map 来做到这一点。

fun <- function(DF){
  for(i in 1:nrow(DF)){
    DF$simp <-diversity(DF$sp, "simpson")
    DF$shan <-diversity(DF$sp, "shannon")
    DF$E <- E(DF$sp)
    DF$D <- D(DF$sp)
  }
  DF
}

result.list <- Map(fun, data.list)

或者，如果您不想在 .GlobalEnv 中使用函数 fun，请使用 lapply。

result.list <- lapply(data.list, function(DF){
  for(i in 1:nrow(DF)){
    DF$simp <-diversity(DF$sp, "simpson")
    DF$shan <-diversity(DF$sp, "shannon")
    DF$E <- E(DF$sp)
    DF$D <- D(DF$sp)
  }
  DF
})

Answer 4

我假设您的 data1、...、dataN 是存储在目录中的文件，并且您一次读取一个。他们也有相同的 header.

您可以做的是一次导入一个，然后执行您想要的操作，如您所述：

files <- list.files(directoryPath) #maybe you can grep() some specific files
for (f in files){
  data <- read.table(f) #choose header, sep and so on...
  for(i in 1:nrow(data)){
    data$simp <-diversity(data$sp, "simpson")
    data$shan <-diversity(data$sp, "shannon")
    data$E <- E(data$sp)
    data$D <- D(data$sp)
  }
}

请注意，您必须在工作目录中，否则在读取表格时必须添加文件名路径（即 paste(path, f, sep="")）

我如何告诉 R 将函数应用于多个数据？

How can I tell R to apply functions to multiple data?

for-loop

r

function

list

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