为什么 melt (reshape2) 用列序号替换列名？

Question

我有一个 74x74 的 SNP 差异成对距离矩阵，其中第一列和第一行对应于分离株的编号，如下所示：

        26482RR 25638   26230   25689RR 25954
26482RR 0       8       0       6       0
25638   8       0       8       14      8
26230   0       8       0       6       0
25689RR 6       14      6       0       6
25954   0       8       0       6       0

M = structure(c(0L, 8L, 0L, 6L, 0L, 8L, 0L, 8L, 14L, 8L, 0L, 8L, 
0L, 6L, 0L, 6L, 14L, 6L, 0L, 6L, 0L, 8L, 0L, 6L, 0L), .Dim = c(5L, 
5L), .Dimnames = list(c("26482RR", "25638", "26230", "25689RR", 
"25954"), c("26482RR", "25638", "26230", "25689RR", "25954")))

我想将此矩阵转换为每对分离株的 table SNP 差异，如下所示：

Col      Row    SNP differences
26482RR  25638   8
26482RR  26230   0
26482RR  25689RR 6
26482RR  25954   0
25638    26230   8
25638    25689RR 14
25638    25954   8
...

为了绘制此数据并将其与其他矩阵相关联。我是 R 的初学者，所以经过一番搜索后，我决定应用以下代码：

st1076 <- read.csv("st1076.csv", header=TRUE, sep=";")
m1 <- as.matrix(st1076)
m1 <- m1[upper.tri(m1)] <- NA
m1_melted <- reshape2:::melt.matrix(m1, na.rm = TRUE)
colnames(m1_melted) <- c("Col","Row","SNP differences")

然而，通过这段代码，我在 "Col" 中得到了每个分离物按其出现顺序（1、2、3、4...）的编号，而不是各自的分离物编号：

Col     Row      SNP differences
2       X26482RR  8
3       X26482RR  0
4       X26482RR  6

从我在其他相关问题中看到的，使用melt.matrix应该可以解决这个问题，但它对我不起作用。

谁能帮我理解为什么会这样？您对如何克服它有什么建议吗？

Answer 1

除了从 csv 读取之外，我认为您的代码是正确的。因为csvs被read.csv解释为数据帧，需要一些处理才能得到矩阵：

DF = read.csv("st1076.csv", sep=";", row.names=1, check.names=FALSE)
M = as.matrix(DF)

res <- reshape2::melt(replace(M, upper.tri(M), NA), 
  varnames = c("Col", "Row"), 
  value.name = "SNP differences", 
  na.rm = TRUE
)

head(res)
      Col     Row SNP differences
1 26482RR 26482RR               0
2   25638 26482RR               8
3   26230 26482RR               0
4 25689RR 26482RR               6
5   25954 26482RR               0
6   25692 26482RR               2

作为参考，我从这个线程开始 https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help/2010-May/237835.html 然后查阅了帮助文件 ?read.csv

为什么 melt (reshape2) 用列序号替换列名？

Why does melt (reshape2) substitute column names by column order numbers?

r

matrix

melt

reshape2