如何在素食包中的 Bray nmds 分析中添加椭圆

Question

我已经使用素食包绘制了点图，但我想圈出经过类似处理的物种。如图，3种颜色3种处理。我也想圈他们

这是我的代码。

library(vegan)
library(MASS)
library(readxl)



bray1 <- read_excel("bray1.xlsx")

cols <- c("red", "blue","blue", "green","green","red","blue","green","green","red","red","blue")

row.names(bray1) <- c("SI1", "SII0", "SI0", "SII2", "SI2", "SII1", "SIII0", "SIV2", "SIII2", "SIV1", "SIII1", "SIV0")

bcdist <- vegdist(bray1, "bray")

bcmds <- isoMDS(bcdist, k = 2)


plot(bcmds$points, type = "n", xlab = "", ylab = "")

text(bcmds$points, dimnames(bray1)[[1]],col = cols,size=10)

[我的数据

bray1<-structure(list(`Andropogon virginicus` = c(0, 0, 0, 0, 2.7, 31.5333333333333, 0, 0, 0, 0, 0, 0), `Oenothera parviflora` = c(61.6,30.3333333333333, 7.53333333333333, 0, 11.7333333333333, 0, 0, 0,75.4, 0, 0, 0), `Lespedeza cuneata` = c(0, 0, 0, 0, 0, 46.7333333333333, 0, 0, 3, 0, 0, 0), `Lespedeza pilosa` = c(0, 1.93333333333333, 0,  0, 1.73333333333333, 0, 0, 0, 0, 1.7, 0, 0), `Chamaesyce maculata` = c(0, 0, 0,4.733333333, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0), `Chamaesyce nutans` = c(0,0, 0, 0, 0,0, 0.166666666666667, 0, 0, 0, 0, 0), `Bidens frondosa` = c(0, 0, 0,1.76666666666667, 1.03333333333333, 3.23333333333333, 0, 0, 0, 0, 0, 0), `Erigeron annuus` = c(0, 0, 0, 0, 0.4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0), `Erigeron canadensis` = c(0, 0, 0, 0, 0, 4.33333333333333, 0, 0, 9.1, 2.066666667, 0,0), `Equisetum arvense` = c(46, 62.7333333333333, 0, 1.66666666666667, 0, 0.533333333333333, 0, 0, 0, 0, 0, 0),     `Erigeron sumatrensis` = c(0, 0, 0, 0, 0, 16.4333333333333,     0, 4, 0, 6.633333333, 0, 0), `Hypochaeris radicata` = c(0,     3.76666666666667, 116.6, 0, 5.033333333, 9.76666666666667,     29, 0, 23.1666666666667, 82.16666667, 0, 0), `Lactuca indica` = c(10.26666667,     0, 1.566666667, 120.1333333, 44.36666667, 42.0333333333333,     0, 14.2333333333333, 0, 0, 14.36666667, 22.2), `Solidago altissima` = c(0,     1.06666666666667, 33.93333333, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 6.6, 0,     0), `Sonchus asper` = c(0, 35.9, 0, 0, 0, 7.46666666666667, 
29.6666666666667, 4.96666666666667, 0, 0, 0.23, 2.933333333    )), .Names = c("Andropogon virginicus", "Oenothera parviflora", "Lespedeza cuneata", "Lespedeza pilosa", "Chamaesyce maculata", "Chamaesyce nutans", "Bidens frondosa", "Erigeron annuus", "Erigeron canadensis", "Equisetum arvense", "Erigeron sumatrensis", "Hypochaeris radicata", "Lactuca indica", "Solidago altissima", "Sonchus asper"), row.names = c(NA, -12L), class = c("tbl_df", "tbl", "data.frame"))

Answer 1

这里有几个基于 car 包中的 dataEllipse 函数的备选方案。我对您的基本图做了一些小改动。我发现很难阅读纯 "green" 颜色的文本，所以我将其切换为 "darkgreen"。我更改了绘图限制，以便完整的椭圆出现在图片中。此外，您的 text 语句包含一个参数 size。 text 没有参数 size 所以我用 cex 替换它来设置字体大小。

library(car)

Group = c(1,2,2,3,3,1,2,3,3,1,1,2)
cols <- c("red", "blue","blue", "darkgreen","darkgreen","red","blue",
    "darkgreen","darkgreen","red","red","blue")

在第一个版本中，我按照您的要求做了，省略号标记了治疗组。

plot(bcmds$points, type = "n", xlab = "", ylab = "", 
    xlim=c(-0.8,0.8), ylim=c(-0.8,0.8), asp=1)
text(bcmds$points, dimnames(bray1)[[1]],col = cols, cex=0.8)
dataEllipse(bcmds$points[,1], bcmds$points[,2], factor(Group),
    plot.points=F, add=T, col=c("red", "blue", "green"),
    levels=rep(0.6, 3), center.pch=0, group.labels="", lwd=1)

在第二个版本中，我没有使用椭圆的轮廓，而是使用透明填充色来显示椭圆。

plot(bcmds$points, type = "n", xlab = "", ylab = "", 
    xlim=c(-0.8,0.8), ylim=c(-0.8,0.8), asp=1)
text(bcmds$points, dimnames(bray1)[[1]],col = cols, cex=0.8)
dataEllipse(bcmds$points[,1], bcmds$points[,2], factor(Group),
    plot.points=F, add=T, col=c("red", "blue", "green"),
    levels=rep(0.6, 3), center.pch=0, group.labels="", 
    lty=0, fill=TRUE, fill.alpha=0.04)

如何在素食包中的 Bray nmds 分析中添加椭圆

How to add ellipse in bray nmds analysis in vegan package

r

ellipse

vegan