在 R 中使用 ggpubr 包绘制相关测试时出错

Question

这是我正在处理的数据集的一个示例，我正在运行变量 step 和 z 之间的皮尔逊相关性测试：

> head(datacorr)
  Date & Time [Local]  Latitude Longitude     step   x   y         z
1 2018-06-18 15:32:00 -2.436589  34.81398 4410.099  14  10  18.24621
2 2018-06-18 15:36:00 -2.438691  34.81222 4620.307  11  15  18.60108
3 2018-06-18 15:40:00 -2.438472  34.81164 4682.904 112 164 198.84468
4 2018-06-18 15:44:00 -2.437794  34.81141 4702.586  90 278 293.42787
5 2018-06-18 15:48:00 -2.437766  34.81177 4662.585  11   7  13.05272
6 2018-06-18 15:52:00 -2.437416  34.81284 4541.207  16   2  16.17849

我没有问题运行测试和创建基本 plot() 但我想使用包 ggpubr 中的 ggscatter() 进行更详细的可视化。这是我的脚本及其输出：

> corre<-cor.test(datacorr$step, datacorr$z, method=c("pearson"))
> print(corre)

    Pearson's product-moment correlation

data:  datacorr$step and datacorr$z
t = -6.2382, df = 15021, p-value = 4.546e-10
alternative hypothesis: true correlation is not equal to 0
95 percent confidence interval:
 -0.06676964 -0.03487023
sample estimates:
       cor 
-0.0508329 

> plot(datacorr$step,datacorr$z)
> step<-datacorr$step
> activityz<-datacorr$z
> library("ggpubr")
> ggscatter(datacorr, x = step, y = activityz, 
+           add = "reg.line", conf.int = TRUE, 
+           cor.coef = TRUE, cor.method = "pearson",
+           xlab = "Step Length", ylab = "Activity Z")
Error in .check_data(data, x, y, combine = combine | merge != "none") : 
  Can't find the y elements in the data.

我使用了基于另一个 post 的 ggscatter() 代码。有谁知道为什么我总是出错？我是 R 的新手，但在我看来我正确定义了所有参数。如果您有任何关于如何在 R 中可视化皮尔逊相关性测试（特征线、r 系数、p 值等）的替代方法，我愿意接受建议。

感谢任何帮助！

Answer 1

函数 ggscatter 文档中的示例显示您必须将 x 和 y 参数作为字符串传递。该文档还指出（作为对您上面评论的回答）您可以使用 add.params 来设计回归线。

试试这个：

ggscatter(datacorr, x = 'step', y = 'z', 
          color = 'red',   # for the points
          add = "reg.line", 
          add.params = list(color = "blue", fill = "lightgray"),  # for the line
          conf.int = TRUE, 
          cor.coef = TRUE, cor.method = "pearson",
          xlab = "Step Length", ylab = "Activity Z")

使用数据：

datacorr <- read.table(text = "Date Time  Latitude Longitude     step   x   y         z
1 2018-06-18 15:32:00 -2.436589  34.81398 4410.099  14  10  18.24621
2 2018-06-18 15:36:00 -2.438691  34.81222 4620.307  11  15  18.60108
3 2018-06-18 15:40:00 -2.438472  34.81164 4682.904 112 164 198.84468
4 2018-06-18 15:44:00 -2.437794  34.81141 4702.586  90 278 293.42787
5 2018-06-18 15:48:00 -2.437766  34.81177 4662.585  11   7  13.05272
6 2018-06-18 15:52:00 -2.437416  34.81284 4541.207  16   2  16.17849
", header = TRUE)

在 R 中使用 ggpubr 包绘制相关测试时出错

Error when plotting correlation test using ggpubr package in R

r

pearson-correlation

ggpubr