无法在 BiocManager 中安装 GO.db

Question

我快速浏览了其他帖子，但找不到具有相同错误的帖子，尽管有些错误消息似乎有些常见，所以如果我确实错过了之前的帖子，我深表歉意。

我正在尝试安装 BioConductor 软件包 "GO.db"，但不断收到错误消息：

> BiocManager::install("GO.db") Bioconductor version 3.8 (BiocManager
> 1.30.4), R 3.5.2 (2018-12-20) Installing package(s) 'GO.db' installing the source package ‘GO.db’
> 
> trying URL
> 'https://bioconductor.org/packages/3.8/data/annotation/src/contrib/GO.db_3.7.0.tar.gz'
> Content type 'application/x-gzip' length 31820876 bytes (30.3 MB)
> downloaded 30.3 MB
> 
> * installing *source* package 'GO.db' ... Warning in file.copy(f, instdir, TRUE) :   problem copying .\NAMESPACE to
> C:\Users\Name\Documents\R\win-library.5\GO.db\NAMESPACE: Permission
> denied Warning in file(file, if (append) "a" else "w") :   cannot open
> file 'C:/Users/Name/Documents/R/win-library/3.5/GO.db/DESCRIPTION':
> Permission denied Error in file(file, if (append) "a" else "w") :   
> cannot open the connection ERROR: installing package DESCRIPTION
> failed for package 'GO.db'
> * removing 'C:/Users/Name/Documents/R/win-library/3.5/GO.db' In R CMD INSTALL
> 
> The downloaded source packages are in
>         ‘C:\Users\Name\AppData\Local\Temp\RtmpeYicUm\downloaded_packages’
> installation path not writeable, unable to update packages: class,
> codetools,   Matrix Update old packages: 'assertthat', 'mgcv'

我已经尝试重新安装 BiocManager，我一直在删除我被告知要删除的目录。我什至尝试运行 R 作为管理员。但是所有这些尝试都会收到相同的错误消息。我看到有人建议将 R CMD INSTALL 与一些有关锁定的命令一起使用，但由于这是一个 BioConductor 包，此解决方案似乎在此处不可用。

Answer 1

尝试通过多种方式下载软件包，并尝试从本地文件安装后，我仍然没有运气。

出于我不知道的原因，我仍然不得不降低我的防病毒软件的文件保护。 R 已经在允许修改我的文件的程序列表中，但无论出于何种原因，它仍然被阻止，并且仅用于灌输包 GO.db - 尽管我想我会找到更多的这些案例在未来。

Answer 2

这项技术对我有用。

1) BiocManager::install("Biobase")

2) BiocManager::install("GO.db")

当系统询问您是否要更新所有软件包时，回答 "y"。

3) BiocManager::valid("GO.db")

[TRUE]

如果更新成功，将显示[TRUE]。

4) 图书馆 (WGCNA)

很有可能，您必须更新多个包。运行第4步，接着看警告文字。它告诉我我还必须更新 "impute" 和 "preprocessCore." 我通过对两个包重复步骤 1-3 解决了这两个问题。

如果你正确地更新了所有的包，当你到达第 4 步时，你会看到下面的文字。此时，WGCNA 安装成功。

library(WGCNA);

附加包：‘WGCNA’

以下对象被“package:IRanges”屏蔽：

cor

以下对象被“package:S4Vectors”屏蔽：

cor

以下对象被“package:stats”屏蔽：

cor

警告信息：软件包“WGCNA”是在 R 版本 3.6.3

下构建的

无法在 BiocManager 中安装 GO.db

Cannot Install GO.db in BiocManager

r

installation

bioconductor