如何从向量中删除整数（0）？

Question

我有两个大矩阵，我想计算两者之间的相似度分数。但是，这些矩阵中的某些列包含间隙，所以我所做的是编写一个函数来创建分数矩阵（1 表示相似性，0 表示不相似性），然后从矩阵中创建 gaps 和 nogaps 向量并据此计算分数
该函数的评分部分如下所示

  ScoreMat <- align1 == align2

  #find gaps and nogaps
  gaps   <- which(align1 == "-", arr.in=TRUE)
  gaps   <- gaps[,2]
  gaps   <-gaps[!duplicated(gaps) ]
  nogaps <- 1:ncol(align1)
  nogaps <- nogaps[-gaps]

  #split ScoreMat into gaps and nogaps matrices
  ScoreMatgaps     <- ScoreMat[,gaps]
  ScoreMatNogaps   <- ScoreMat[,nogaps]

  #calculate score
  gapScore   <- rowSums(ScoreMatgaps)
  nogapScore <- rowSums(ScoreMatNogaps)
  score      <- cbind(gapScore,nogapScore)

当我想对我比其他人更感兴趣的特定列范围进行评分时，问题就出现了。因此，更大的功能包含有关如何对这些特定范围进行评分的行。但是，其中一些范围包含间隙，而另一些则没有。因此对于有间隙的范围，该函数可以正常工作。但是对于没有间隙的范围，gaps 向量 returns 和 integer(0) 一样，出于某种原因，nogaps 向量也给出了那个结果。

我尝试解决这个问题包括使用如下 if 语句：

  gaps   <- which(align1 == "-", arr.in=TRUE)
  gaps   <- gaps[,2]
  gaps   <- gaps[!duplicated(gaps) ]
  nogaps <- 1:ncol(align1)
  nogaps <- ifelse (length(gaps) == 0, nogaps, nogaps[-gaps])

但这导致nogaps等于1

为什么 if 语句会给出这个结果，我该如何解决？

提前致谢

Answer 1

注意在 [ 运算符中使用负索引。我强烈建议尽可能避免使用它们。我不会具体谈论你的问题，因为你没有提供可重现的例子。另一方面，我猜想问题出在以下方面。假设我有一个向量，我想删除负值。我可以做到以下几点：

v<-rnorm(100)
indices<-which(v<0)
v<-v[-indices]

以上工作正常。假设现在没有负值，所以您想保留整个向量。如果您按照上述步骤操作会发生什么情况？

v<-1:10
indices<-which(v<0)
v<-v[-indices]
v
#integer(0)

我们什么都没有！请记住，x[-integer(0)] 会产生一个长度为 0 的向量。解决方案？不要说你想删除的元素，而是说你想保留的元素！很简单的。像这样：

#state the opposite condition
indices<-which(v>=0)
v<-v[indices]

这在任何情况下都有效。我的猜测是您的问题来自 nogaps[-gaps] 和类似的行。

如何从向量中删除整数（0）？

How to remove integer(0) from a vector?

r

function

vector

matrix