plot.ACF 是否已从 NLME 的前端移除？还是我不小心更改了某些设置？

Question

我正在使用 R 分析线性混合效应模型 (nlme::lme)。我想在 alpha 级别用虚线绘制 ACF 值（如 plot.ACF 那样）。

我require(nlme)之后，我可以运行 ACF了，但是plot.ACF还是不行。我可以通过 nlme:::plot.ACF 访问它，这意味着它被指定为隐藏功能。软件包的这个功能是否出于某种原因被搁置了？如果不是，还有其他可能的解释吗？有谁知道我可以让包导出它的方法（即使在更新之后）？

Answer 1

是的，对nlme包的前端是隐藏的（即不导出）；不知道有没有变化。

> nlme::plot.ACF
Error: 'plot.ACF' is not an exported object from 'namespace:nlme'

但是，您可以使用 ?plot.ACF 访问它的帮助，其中演示了以下用法：

## S3 method for class 'ACF'
plot(x, alpha, xlab, ylab, grid, ...)

请注意，它并不是建议使用 plot.ACF，而是建议使用 plot。这是可行的，因为 plot 函数是面向对象的，因此只要在 ACF 对象上调用 plot 时，就会在幕后调用 plot.ACF。

也就是说，要绘制一个 ACF 对象，您应该只键入 plot，而不是 plot.ACF。

Answer 2

据我所知，plot.ACF 函数从未导出过。我可以通过 NAMESPACE 文件找到的来自 https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/nlme/ 的最早版本的 nlme 是 nlme_3.1-40（日期：2003-05-16），并且该函数本来是不可见的（在控制台中).它仍然可以通过 methods 函数访问，并且代码可以通过三点机制 (:::) 或 getAnywhere 函数访问。

getAnywhere("plot.ACF")  Retruns formal parameters, funciton body and information about functions environment
getS3method("plot", "ACF")  # returns same code as getAnywhere

x <- methods(class="ACF")
str(x)
#--------------
 'MethodsFunction' chr "plot.ACF"
 - attr(*, "info")='data.frame':    1 obs. of  4 variables:
  ..$ visible: logi FALSE
  ..$ from   : Factor w/ 1 level "registered S3method": 1
  ..$ generic: chr "plot"
  ..$ isS4   : logi FALSE
 - attr(*, "byclass")= logi TRUE

我为我之前有点刻薄的评论道歉，因为在重新阅读您的 post 时，您似乎确实明白这些功能是可用的，只是不可见。仍然不清楚的是为什么你认为它是可见的。

如果要 plot.ACF 导出，可以将其添加到 NAMESPACE 文件中的导出函数列表中并重建包。或者您可以使用以下方式即时导出：

plot.ACF <- getAnywhere("plot.ACF")

plot.ACF 是否已从 NLME 的前端移除？还是我不小心更改了某些设置？

Was plot.ACF removed from the front end of NLME? Or did I change some setting on accident?

r

nlme