是否有 R 代码集使用 PubMed ID 或 DOI 来获取该文章的数据文件？

Question

我正在尝试从 NCBI 或 PubMed 中获取与数百个唯一 DOI 或 PMID 相关或附加的数据文件名，使用 R 语言。例如。我有 PMID：19122651，我想获取与其连接的三个 GSE 的名称，它们是：GSE12781、GSE12782 和 GSE12783。我搜索了各种资源和包都无济于事。
感谢您的帮助。

Answer 1

您可以通过 rentrez 包查询 NCBI，如 here 所述。函数 entrez_link() 应该能够找到交叉引用

Answer 2

您可以使用 rentrez 包执行此操作。

要求的函数是entrez_link。

示例：

library(rentrez)

results <- entrez_link(dbfrom = 'pubmed', id = 19122651, db = 'gds')

results$links$pubmed_gds
[1] "200012783" "200012782" "200012781"

这 3 个结果是关联的 GEO 数据集记录的 ID。您可以使用 entrez_summary.

将它们转换为 GSE 种质

这里有一个有点难看的sapply可以作为函数的基础：

sapply(results$links$pubmed_gds, function (id) entrez_summary("gds", id)$accession, 
       USE.NAMES = FALSE)

[1] "GSE12783" "GSE12782" "GSE12781"

是否有 R 代码集使用 PubMed ID 或 DOI 来获取该文章的数据文件？

Is there a R code set to use PubMed ID or DOI to get data files for that article, please?

doi

r

data-files

ncbi

pubmed