如何根据 R 中的 p-value 从汇总数据中提取 SNP 列表？

Question

我有一份 GWAS 数据汇总结果，其中包含以下信息，我想 根据 p-value 中的 p-value 提取前 120 个 SNP 的列表R。数据有以下七个headers：

SNPName    n_samplesize    A1Allele    A2Allele    beta     SE      p_value

通过 dplyr 编码：

    library(dplyr)
    dat <- read.csv(file.choose(MetaAnalysis_Results))
    dat2 <- dat %>% arrange("p_value")

排序时出错

更新：在将 .csv 文件转换为 .txt 文件后，这对我有用

    attach(MetaAnalysis_Results)
    mydata <- MetaAnalysis_Results
    new <- mydata[order(p_value),]

Answer 1

最简单的方法是使用 dplyr。如果不存在则安装它

install.packages("dplyr")

    library(dplyr)
    dat <- read.csv(file.choose())

    #Make sure the data is imported
    head(dat)

    dat <- dat %>% arrange("p_values")
    dat2 <- dat[1:120,]
    write.csv(dat2)

如何根据 R 中的 p-value 从汇总数据中提取 SNP 列表？

How to extract a list of SNPs from summary data according to p-value in R?

r

p-value