将 PCR 96 孔板转为单柱格式

Question

PCR 板在类似于 X-Y 坐标系的坐标系上工作。我想将 96 孔 PCR 板从 X-Y 坐标系（行和列格式）转换为单列格式，将 x-y 系统组合在一起（即行 B 和列 12 = B12).

下面提供的第一个数据集，称为 "pcr_plate"，是 96 孔 PCR 板的格式。

第二个数据集 "sample_transposed_plate" 是预期结果的示例。

我尝试过使用以下包中的代码转置数据的经典方法：

图书馆（dplyr）图书馆（整理）

除了变换(data.frame, ... )

但是，我很困惑如何编写从 A 行列 1:12 开始，然后是 B 行列 1:12 等的代码，同时保持各自的样本（又名好）在相邻的列中

两个示例工作数据集：

pcr_plate <- read.table ("https://pastebin.com/raw/bGhzj5dU", header = T, sep = "")


sample_transposed_plate <- read.table ("https://pastebin.com/raw/xyzv9cvH", header=T, sep = "") # example of desired outcome

逻辑上，假设有 96 个孔，我最后应该有 96 行数据（97 行带有 header）。第一列为 "location"，第二列为 "sample"

Answer 1

您可以只使用典型的 gather 将宽数据转换为长数据：

library(tidyverse)
pcr_plate <- read.table ("https://pastebin.com/raw/bGhzj5dU", header = T, sep = "")
sample_transposed_plate <- read.table ("https://pastebin.com/raw/xyzv9cvH", header=T, sep = "")

pcr_plate_long = pcr_plate %>%
  gather(number, content, -pcr.plate) %>%
  mutate(number = str_remove(number, "^X"),
         well_ID = paste0(pcr.plate, number)) %>%
  select(content, well_ID)

Answer 2

这就是你要找的（下）

第一行将数据从宽转换为长
第二行从值中删除"X"并将其与盘子（字母）粘贴在一起，
第三行选择您的列（并重命名一个）
第四行是在well_ID中先按字母排列，再按数字排列的方式。

如果这不起作用或者您有任何问题，请告诉我。

pcr_plate <- read.table ("https://pastebin.com/raw/bGhzj5dU", header = T, sep = "")

library(dplyr)
library(tidyr)

gather(pcr_plate, key = "key", value = "sample", -pcr.plate) %>%
  mutate(pcr.plate = paste0(pcr.plate, gsub("X", "", key))) %>%
  select(well_ID = pcr.plate, sample) %>%
  arrange(gsub("\d", "", well_ID, as.numeric(gsub("\D", "", well_ID))))

   well_ID     sample
1       A1     1-TypA
2       A2     1-TypA
3       A3     2-TypA
4       A4     2-TypA
5       A5     3-TypA
6       A6     3-TypA
7       A7     4-TypA
8       A8     4-TypA
9       A9   H20-TypA
10     A10   H20-TypA
11     A11  PosA-TypA
12     A12  PosB-RP49
13      B1     1-TypB
14      B2     1-TypB
15      B3     2-TypB
16      B4     2-TypB
17      B5     3-TypB
18      B6     3-TypC
19      B7     4-TypB
20      B8     4-TypB
21      B9   H20-TypB
22     B10   H20-TypB
23     B11  PosA-TypA
24     B12  PosB-RP49
25      C1     1-TypC
26      C2     1-TypC
27      C3     2-TypC
28      C4     2-TypC
29      C5     3-TypC
30      C6     3-TypB
31      C7     4-TypC
32      C8     4-TypC
33      C9   H20-TypC
34     C10   H20-TypC
35     C11  PosA-RP49
36     C12   PosB-H20
37      D1     1-RPS5
38      D2     1-RPS5
39      D3     2-RPS5
40      D4     2-RPS5
41      D5     3-RPS5
42      D6     3-RPS5
43      D7     4-RPS5
44      D8     4-RPS5
45      D9   H20-RPS5
46     D10   H20-RPS5
47     D11  PosA-RP49
48     D12   PosB-H20
49      E1     1-RP49
50      E2     1-RP49
51      E3     2-RP49
52      E4     2-RP49
53      E5     3-RP49
54      E6     3-RP49
55      E7     4-RP49
56      E8     4-RP49
57      E9   H20-RP49
58     E10   H20-RP49
59     E11   PosA-H20
60     E12        H20
61      F1   1-F1430A
62      F2   1-F1430A
63      F3   2-F1430A
64      F4   2-F1430A
65      F5   3-F1430A
66      F6   3-F1430A
67      F7   4-F1430A
68      F8   4-F1430A
69      F9 H20-F1430A
70     F10 H20-F1430A
71     F11   PosA-H20
72     F12        H20
73      G1   1-F1409B
74      G2   1-F1409B
75      G3   2-F1409B
76      G4   2-F1409B
77      G5   3-F1409B
78      G6   3-F1409B
79      G7   4-F1409B
80      G8   4-F1409B
81      G9 H20-F1409B
82     G10 H20-F1409B
83     G11  PosB-TypA
84     G12        H20
85      H1      1-H20
86      H2      1-H20
87      H3      2-H20
88      H4      2-H20
89      H5      3-H20
90      H6      3-H20
91      H7      4-H20
92      H8      4-H20
93      H9    H20-H20
94     H10    H20-H20
95     H11  PosB-TypA
96     H12        H20

编辑：

我的评论误报了，它确实按预期工作了。这是获得相同结果的另一种方法。如果您有任何问题，请告诉我！

gather(pcr_plate, key = "key", value = "sample", -pcr.plate) %>%
  mutate(key = as.numeric(gsub("X", "", key))) %>%
  arrange(pcr.plate, key) %>%
  mutate(pcr.plate = paste0(pcr.plate, key)) %>%
  select(well_ID = pcr.plate, sample)

将 PCR 96 孔板转为单柱格式

Transposing PCR 96 well plate to single column format

r

transpose

genetics