如何使用 GNU parallel 在 BASH 上运行接受多个参数的 python 脚本？

Question

我有一个 python 脚本，我通常从 BASH shell 像这样执行它：

pychimera $(which dockprep.py) -rec receptor1.pdb -lig ligand1.mol -cmethod gas -neut

如您所见，有些参数需要输入（例如 -rec），而其他则不需要（例如 -neut）。我必须使用不同的输入执行此脚本 154 次。如何使用 GNU 并行脚本并行运行 8 个线程？

pychimera $(which dockprep.py) -rec receptor1.pdb -lig ligand1.mol -cmethod gas -neut
pychimera $(which dockprep.py) -rec receptor2.pdb -lig ligand2.mol -cmethod gas -neut
pychimera $(which dockprep.py) -rec receptor3.pdb -lig ligand3.mol -cmethod gas -neut
...

Answer 1

示例 commands.txt 生成器脚本：

#!/usr/bin/env bash

if [ "$#" -ne 1 ]; then
    echo "missing parameter: n"
    exit 1
fi

rm commands.txt 2> /dev/null 
dockp=$(which dockprep.py)

for((i=1;i<=;i++)); do
  echo "pychimera $dockp -rec receptor$i.pdb -lig ligand$i.mol -cmethod gas -neut" >> commands.txt
done

如果您将上面的 bash 脚本保存为 cmdgen.sh，您可以运行将其保存为：

bash cmdgen.sh 100

如果你需要 n 为 100。

到运行并行命令：

$ module load parallel
$ parallel < commands.txt

Answer 2

我想你想要这个：

parallel 'pychimera $(which dockprep.py) -rec receptor{}.pdb -lig ligand{}.mol -cmethod gas -neut' ::: {1..154}

如果您有 8 个 CPU 核心以外的其他核心，并且特别需要一次 8 个进程，请使用：

parallel -j8 ...

如果您想查看运行而实际上没有运行任何内容的命令，请使用：

parallel --dry-run ...

如何使用 GNU parallel 在 BASH 上运行接受多个参数的 python 脚本？

How to run on BASH a python script that takes multiple arguments using GNU parallel?

bash

gnu-parallel

multiple-arguments

如何使用 GNU parallel 在 BASH 上 运行 接受多个参数的 python 脚本？

How to run on BASH a python script that takes multiple arguments using GNU parallel?

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gnu-parallel

multiple-arguments

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