"Number of observations <= number of random effects" 错误

Question

我正在使用一个名为 diagmeta 的软件包进行荟萃分析。我可以将此包与名为 Schneider2017 的内置数据集一起使用。但是，当我自己设置 database/data 时，出现以下错误：

Error: number of observations (=300) <= number of random effects (=3074) for term (Group * Cutoff | Study); the random-effects parameters and the residual variance (or scale parameter) are probably unidentifiable

SO 上的另一个线程表明错误是由一个或多个列的数据格式引起的。我已确保每一列的数据类型都与 Schneider2017 数据集中的匹配 - 无效。

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我尝试将 Schneider2017 数据集中的所有数据提取到 excel，然后通过 R studio 从 Excel 导入数据集。这同样没有区别。这向我暗示数据格式可能有所不同，尽管我看不出如何。

diag2 <- diagmeta(tpos, fpos, tneg, fneg, cutpoint,
                   studlab = paste(author,year,group),
                   data = SRschneider,
                   model = "DIDS", log.cutoff = FALSE,
                   check.nobs.vs.nRE = "ignore")

数据集如下所示：

我希望与内置数据集一样成功执行和绘图，但不断收到此错误。

执行 str(mydataset) 的结果：

> str(SRschneider)
Classes ‘tbl_df’, ‘tbl’ and 'data.frame':   150 obs. of  10 variables:
 $ ...1    : num  1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
 $ study_id: num  1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ author  : chr  "Arora" "Arora" "Arora" "Arora" ...
 $ year    : num  2006 2006 2006 2006 2006 ...
 $ group   : chr  NA NA NA NA ...
 $ cutpoint: chr  "6" "7.0" "8.0" "9.0" ...
 $ tpos    : num  133 131 130 127 119 115 113 110 102 98 ...
 $ fneg    : num  5 7 8 11 19 23 25 28 36 40 ...
 $ fpos    : num  34 33 31 30 28 26 25 21 19 19 ...
 $ tneg    : num  0 1 3 4 6 8 9 13 15 15 ...

Answer 1

你说你

have made sure every column's data type matches that in the Schneider2017 dataset

但这似乎不是真的。除了 num （数字）和 int （整数）类型（实际上通常不重要）之间的差异外，您的数据还具有

 $ cutpoint: chr  "6" "7.0" "8.0" "9.0" ...

而 str(Schneider2017) 有

 $ cutpoint: num  6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 ...

让你的分割点是一个字符而不是数字意味着 R 会尝试将它视为一个分类变量（具有许多离散级别）。这很可能是您问题的根源。

cutpoint 变量可能是一个字符，因为 R 在此列中遇到了一些无法解释为数字的值（就像印刷错误一样简单）。可以使用SRschneider$cutpoint <- as.numeric(SRschneider$cutpoint)将变量强制转换为数值（无法解释的值将设置为NA），但最好上游看看问题出在哪里.

如果您使用 tidyverse 包加载数据，您应该会得到一个可能有用的 "parsing problems" 列表。您也可以尝试cp <- SRschneider$cutpoint; cp[which(is.na(as.numeric(cp)))]查看无法转换的值。

Answer 2

只是对 Ben 详细回答的快速跟进。

diagmeta() 中实现的统计方法期望参数 cutpoint 是一个连续变量。我们为参数 cutpoint 添加了相应的检查（以及参数 TP、FP、TN, 和 FN) 在 R 包 diagmeta 版本 0.3-1 中；有关技术详细信息，请参阅 commit in GitHub repository。

因此，以下 R 命令将产生信息更丰富的错误消息：

data(Schneider2017)
diagmeta(tpos, fpos, tneg, fneg, as.character(cutpoint),
         studlab = paste(author, year, group), data = Schneider2017)

"Number of observations <= number of random effects" 错误

"Number of observations <= number of random effects" error

r

mixed-models