如何在R语言的kaggle内核中安装tensorflow-probability

Question

我需要在R语言的kaggle内核中安装tensorflow-probability。

我尝试使用以下代码，

library(tensorflow)
install_tensorflow(extra_packages = "tensorflow-probability")

这似乎只安装了tensorflow，当我尝试加载包greta时，这取决于tensorflow-probability，我得到以下错误，

Error: 

greta requires TensorFlow (>=1.10.0) and Tensorflow Probability (>=0.5.0), but TensorFlow Probability isn't installed. Use:

install_tensorflow(extra_packages = "tensorflow-probability") 
to install the latest version.

还尝试通过自定义包选项安装它，显示它已安装，但 greta 提到它未安装。

Answer 1

关键问题是预装的r-tensorflow虚拟环境不在默认位置，这使得install_tensorflow()方法无法对其进行编辑。要解决这个问题，首先必须设置 Reticulate 用来识别 virtualenv 环境根目录的 WORKON_HOME 环境变量。我能够按照以下几行进行正确安装：

# set virtualenv root to where 'r-tensorflow' env is located
Sys.setenv(WORKON_HOME="/root/.virtualenvs")

# install greta
install.packages("greta")

# install tfp
tensorflow::install_tensorflow(envname="r-tensorflow", extra_packages=c("tensorflow-probability==0.3.0"))

# check that TFP is installed in the env
dir("/root/.virtualenvs/r-tensorflow/lib/python2.7/site-packages")
## ...
## [56] "tensorflow"                            
## [57] "tensorflow_probability"                
## [58] "tensorflow_probability-0.3.0.dist-info"
## [59] "tensorflow-1.10.0.dist-info"
## ...

按照这些思路，我制作了运行默认 Greta 示例的 a public Kaggle kernel available。

以上代码导致安装Greta v0.3.0、TF 1.10.0和TFP 0.3.0，这是正确的版本匹配。我还能够使用

安装最新版本

# set virtualenv root to where 'r-tensorflow' env is located
Sys.setenv(WORKON_HOME="/root/.virtualenvs")

# install latest greta
devtools::install_github("greta-dev/greta")

# install tfp
tensorflow::install_tensorflow(envname="r-tensorflow", version="1.13.1", extra_packages=c("tensorflow-probability==0.6.0"))

这也让 library(greta) 毫无怨言地启动。但是，它在采样期间崩溃，并抱怨 assertthat 包已损坏。请注意，assertthat 作为 Greta 安装的一部分从 GitHub 得到更新，这就是我最终使用 CRAN 版本的原因。

希望将来 Kaggle 只包含 TFP，而不必处理这些乱七八糟的事情。

Answer 2

只是想说即将在 CRAN 上提交的最新版本的 greta（因此版本 > 0.4.0）在使用新的安装助手 install_greta_deps() 时使用了 conda 环境的新方法。

这意味着 greta 将使用 conda 环境加载 python 模块，因此您可以在计算机上与 greta 一起安装不同的 python 模块。

当您运行 library(greta) 时，它会加载 greta 需要的特定 python 模块版本。希望这对将来有所帮助！

如何在R语言的kaggle内核中安装tensorflow-probability

How to install tensorflow-probability in kaggle kernel for R language

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greta