dplyr 访问列表所有元素的子元素

Question

我正在尝试将 purrr 包中的 safely() 与 glmnet 包中的套索回归一起使用。我被困在交叉验证部分，因为 safely() returns 是一个包含两个元素 $results 和 $errors 的列表。我试图通过使用 dplyr 只获得 $results，但无法让它工作。

我可以使用 dplyr 让交叉验证适用于单个物种，但不适用于所有物种。

library(dplyr)
library(glmnet)
library(purrr)
data(iris)

# Group to perform regressions for every species
grouped <- iris %>% 
  group_by(Species)

# Make model matrices
mm <- grouped %>%
  do(mm = safely(model.matrix)(Sepal.Length ~ Sepal.Width + Petal.Width, data = .)[1])

# Join the dependent values with the model matrices in a tibble
sepallengths <- grouped %>% 
  summarise(Sepal.Length = list(Sepal.Length))
temp <- inner_join(sepallengths, mm, by = "Species")

# Perform cross validation using the tibble above
cv_holder <- temp %>% 
  group_by(Species) %>% 
  # How to get this to work inside dplyr?
  do(cv = safely(cv.glmnet)(.$mm[1]$result, .$Sepal.Length, alpha = 1, nlambda = 100))

# Contains only errors when it should contain the cross validations
cv_holder$cv

# Works for individual lists this way
safely(cv.glmnet)(temp$mm[[1]][1]$result, temp$Sepal.Length[[1]], alpha = 1, nlambda = 100)$result

我希望输出是一个小标题 (cv_holder)，其中有一列 (cv)，其中包含包含每个物种的交叉验证列表的列表。但是，我只能让 dplyr 到 return 错误，例如 "simpleError in rep(1, N): invalid 'times' argument"

这是通过循环完成的方法：

for(i in 1:length(temp$mm)){
    print(safely(cv.glmnet)(temp$mm[[i]][1]$result, temp$Sepal.Length[[i]], alpha = 1, nlambda = 100))
cv_holder$error <- NULL
}

Answer 1

您仍然需要对列表进行索引，即使只有 1 个值。

例如：

cv_holder <- temp %>% 
  group_by(Species) %>% 
  # How to get this to work inside dplyr?
  do(cv = safely(cv.glmnet)(.$mm[1][[1]]$result, .$Sepal.Length[[1]], alpha = 1, nlambda = 100))

这只是一个意见但是：当数据整洁时使用 tidyverse。必要时使用 for 循环。当它显然更令人困惑时，我不认为试图将某些东西强加到 dplyr 框架中有什么意义。

Answer 2

我让它与 purrr 的 pluck() 一起工作，它从每个列表中选择第一个项目：

cv_holder <- temp %>% 
    group_by(Species) %>% 
    # Using pluck()
    do(cv = safely(cv.glmnet)(pluck(.$mm, 1)$result, pluck(.$Sepal.Length, 1), alpha = 1, nlambda = 100))

# Now works as intended
cv_holder$cv

dplyr 访问列表所有元素的子元素

dplyr accessing a subelement of all elements of a list

r

dplyr

purrr

glmnet