让 XHProf 可视化（Graphviz 和点的问题）工作

Question

我安装了 XHProf 并希望查看调用图可视化。我点击 View Full Callgraph 并首先收到以下消息：

failed to execute cmd: " dot -Tpng". stderr: `sh: dot: command not found '

经过一些谷歌搜索，我发现这是由于未安装Graphviz造成的。然后我安装了它：

$ yum install graphviz

并再次尝试。现在我收到以下错误消息：

failed to execute cmd: " dot -Tpng". stderr: `Error: /usr/lib64/graphviz/config6 is zero sized, or other read error.

Error: /usr/lib64/graphviz/config6 is zero sized, or other read error.

There is no layout engine support for "dot"

Perhaps "dot -c" needs to be run (with installer's privileges) to register the plugins?

'

确实执行dot -c导致错误：

$ dot -c
Error: /usr/lib64/graphviz/config6 is zero sized, or other read error.
Warning: Could not load "/usr/lib64/graphviz/libgvplugin_pango.so.6" - file not found
Warning: Could not load "/usr/lib64/graphviz/libgvplugin_xlib.so.6" - file not found
Segmentation fault

但是文件 libgvplugin_pango.so.6 和 libgvplugin_xlib.so.6 在那里并且位于 /usr/lib64/graphviz/:

$ ls -l /usr/lib64/graphviz
total 724
...
lrwxrwxrwx 1 root root     26 May 19 13:58 libgvplugin_pango.so.6 -> libgvplugin_pango.so.6.0.0
-rwxr-xr-x 1 root root  22408 Sep 19  2012 libgvplugin_pango.so.6.0.0
lrwxrwxrwx 1 root root     25 May 19 13:58 libgvplugin_xlib.so.6 -> libgvplugin_xlib.so.6.0.0
-rwxr-xr-x 1 root root  15656 Sep 19  2012 libgvplugin_xlib.so.6.0.0

嗯，作为符号链接。不过没关系。反正我也测试过这个案例：

mv /usr/lib64/graphviz/libgvplugin_pango.so.6 /usr/lib64/graphviz/libgvplugin_pango.so.6_DEACT
mv /usr/lib64/graphviz/libgvplugin_xlib.so.6 /usr/lib64/graphviz/libgvplugin_xlib.so.6_DEACT
cp /usr/lib64/graphviz/libgvplugin_pango.so.6.0.0 /usr/lib64/graphviz/libgvplugin_pango.so.6
cp /usr/lib64/graphviz/libgvplugin_xlib.so.6.0.0 /usr/lib64/graphviz/libgvplugin_xlib.so.6

没有效果，还是一样的错误

这里出了什么问题以及如何让它工作？

环境：使用 CentOS 6 作为访客系统的 VirtualBox VM。

Answer 1

我终于成功了。

简答:

我想 yum update or/and 也许 ann-libs 安装 可能是决定性的步骤。但这只是一个假设，因此我描述了所有可能很重要的步骤（见下文）。

详细解答:

首先我尝试安装 graphviz 和相关的软件包：

$ yum install 'graphviz*'

但是安装失败：

Error: php56w-common conflicts with php-common-5.3.3-46.el6_6.x86_64
 You could try using --skip-broken to work around the problem
** Found 1 pre-existing rpmdb problem(s), 'yum check' output follows:
cairo-1.8.8-3.1.el6.x86_64 has missing requires of libpixman-1.so.0()(64bit)

然后我尝试了同样的方法，但是在之前的存储库中添加了 graphviz-rhel.repo：

$ cd /etc/yum.repos.d/
$ wget http://www.graphviz.org/graphviz-rhel.repo
$ yum list available 'graphviz*'
$ yum install 'graphviz*'

失败并出现另一个错误：

Error: Package: graphviz-2.38.0-1.el6.x86_64 (graphviz-stable)
           Requires: libANN.so.1()(64bit)
 You could try using --skip-broken to work around the problem
** Found 1 pre-existing rpmdb problem(s), 'yum check' output follows:
cairo-1.8.8-3.1.el6.x86_64 has missing requires of libpixman-1.so.0()(64bit)

不出所料 --skip-broken 也没有成功。

之后我做了很多事情：yum clean all、yum erase 'graphviz*'、ann-libs 安装和 yum update:

$ yum clean all
$ yum install 'graphviz*'
$ yum erase 'graphviz*'
$ cd ~/temp/
$ wget http://dl.fedoraproject.org/pub/epel/6/x86_64/ann-libs-1.1.1-4.el6.x86_64.rpm
$ rpm -i ann-libs-1.1.1-4.el6.x86_64.rpm 
$ yum update

现在可以了。

Answer 2

在某些 RHEL 6 系统上遇到了同样的问题，结果发现问题出在某些 X11 库上的 Graphviz 插件的隐藏依赖项，我可以通过安装以下 rpms 来安装它们：

libXau
libxcb
libXext

所以，这解决了我的问题：yum install gtk2 libXau libxcb libXext

让 XHProf 可视化（Graphviz 和点的问题）工作

Getting XHProf visualization (issues with Graphviz and dot) working

php

profiling

graphviz

dot

xhprof