使用 Java 本机库在 HDF5 中编写锯齿状数组

Question

我尝试了很多方法，并遵循了网络上散布的一些关于如何在 HDF5 中编写锯齿状数组（可能具有不同长度的数组）的示例。

大多数示例都是用 C 语言编写的，而且级别相当低。无论如何，我似乎无法让它工作，我只是查看了 C 源代码，它几乎说不支持任何不是字符串的可变长度数据类型（如果我理解正确的话）。

我悲惨的功能失调代码（原样）：

 public void WIP_createVLenFloatDataSet( List<? extends Number> floats ) throws Exception
  {
    String group = "/test";
    long groupId = createGroupIfNotExist( group );
    MDataQualifier qualifier = new MDataQualifierImpl( group, "float", "0.0.0" );
    long datasetId = openDataSet( qualifier );
    long heapType = H5.H5Tcopy( MDataType.FLOAT_ARRAY.getHDFType() );
    heapType = H5.H5Tvlen_create( heapType );
//    heapType = H5.H5Tarray_create( heapType, 1, new long[]{1} );
    if( !exists( datasetId ) )
    {

      long[] maxDims = new long[]{ HDF5Constants.H5S_UNLIMITED };
      long dataspaceId = H5.H5Screate_simple( 1, new long[]{ 1 }, null );
      // Create the dataset.
      long datasetId1 = -1;
      try
      {
        if( exists( m_fileId ) && exists( dataspaceId ) && exists( heapType ) )
        {
          long creationProperties = H5.H5Pcreate( HDF5Constants.H5P_DATASET_CREATE );
          H5.H5Pset_chunk( creationProperties, /*ndims*/1, new long[]{ 1 } );
          datasetId1 = H5.H5Dcreate( groupId, qualifier.getVersionedName(), heapType, dataspaceId, H5P_DEFAULT, creationProperties, H5P_DEFAULT );
          //          H5.H5Pclose( creationProperties );
        }
      }
      catch( Exception e )
      {
        LOG.error( "Problems creating the dataset: " + e.getMessage(), e );
      }
      datasetId = datasetId1;
      if( exists( datasetId ) )
      {
        //        flushIfNecessary();
        LOG.trace( "Wrote empty dataset {}", qualifier.getVersionedName() );
      }
    }
    List<? extends Number> data = ( List<? extends Number> )floats;
    //              H5.H5Dwrite( datasetId, heapType, dataspaceId, memSpaceId, HDF5Constants.H5P_DEFAULT, Floats.toArray( data) );
    ByteBuffer bb = ByteBuffer.allocate( data.size() * 4 );
    floats.forEach( f -> bb.putFloat( f.floatValue() ) );
//    H5.H5Dwrite( datasetId, heapType, H5S_ALL, H5S_ALL, H5P_DEFAULT, Floats.toArray( data ) );
    H5.H5Dwrite( datasetId, heapType, H5S_ALL, H5S_ALL, H5P_DEFAULT, bb.array() );

  }

有没有人以前做过这个并且至少可以确认这是不可能的？我能从 HDF5 中得到的最多信息是 "buf does not support variable length type".

Answer 1

显然 JNI 包装器的 "glue code" 不支持这一点。如果你想使用这个特性，你要么实现你自己的 JNI，要么等待更新的版本。官方 JNI 代码是开源的，可以在 here.

找到

使用 Java 本机库在 HDF5 中编写锯齿状数组

Writing a Jagged Array in HDF5 using the Java Native Library

java

arrays

jagged-arrays

hdf5

hdf