Docker 使用 singularity 2.5.2 拉取的容器适用于 3.1.1 exec，但如果我使用 3.1.1 拉取则失败

Question

如果我使用奇异点 2.5.2 拉取 docker 图像，它运行对 3.1.1 exec 没问题：

$ /software/singularity-3.1.1/bin/singularity exec dockstore-cgpwxs_singularity_bug_report_pull_2.5.2.simg samtools view

Usage: samtools view [options] <in.bam>|<in.sam>|<in.cram> [region ...]
...

如果我然后使用 3.1.1 拉取相同的图像并尝试运行它我在加载共享库时遇到问题，这些是在容器中使用的（而不是像 #3027 中的奇点本身） :

$ /software/singularity-3.1.1/bin/singularity exec dockstore-cgpwxs_singularity_bug_report_pull_3.1.1.simg samtools view
samtools: error while loading shared libraries: libhts.so.2: cannot open shared object file: No such file or directory

在使用 3.1.1 拉取的容器上，我检查了指示为有问题的文件：

$ /software/singularity-3.1.1/bin/singularity exec dockstore-cgpwxs_singularity_bug_report_pull_3.1.1.simg ls -l /opt/wtsi-cgp/lib/
total 8613
-rwxr-xr-x  1 root root  415532 Apr 16 10:33 libBigWig.a
-rwxr-xr-x  1 root root  240712 Apr 16 10:33 libBigWig.so
-rw-r--r--  1 root root 4950682 Apr 16 10:33 libhts.a
lrwxrwxrwx  1 root root      13 Apr 16 10:33 libhts.so -> libhts.so.1.9
-rw-r--r--  1 root root 3211128 Apr 16 10:33 libhts.so.1.9
lrwxrwxrwx  1 root root      13 Apr 16 10:33 libhts.so.2 -> libhts.so.1.9
drwxrwxr-x 63 root root    1186 Apr 16 07:31 perl5
drwxr-xr-x  2 root root      32 Apr 15 08:08 pkgconfig

这与使用 2.5.2 拉取时的同一文件夹完全匹配。

我希望用 3.1.1 拉取并用 3.1.1 执行的图像比用 2.5.2 拉取的图像运行得更好。

已链接 GitHub issue

Answer 1

这已被 Singularity 开发人员标记为回归。虽然尚未解决，但这证实这不是使用错误。

Docker 使用 singularity 2.5.2 拉取的容器适用于 3.1.1 exec，但如果我使用 3.1.1 拉取则失败

Docker container pulled with singularity 2.5.2 works with 3.1.1 exec, but fails if I pull with 3.1.1

singularity-container

dockstore