根据R中的各种变量类计算加权平均值

Calculating weighted average according to various variable classes in R

我有不同物种的尺寸数据。 每个样本代表 1 m^2 的珊瑚礁图(样方;"Unique")。在任何给定的年份 ("YrSi"),每个地点都应该有 5 个样方,并且一个样方中的物种数量是任意的(有些物种比其他物种多,而且它们通常不同)。 我需要根据每个 "YrSi"(年站点组合)和 "Taxa"(即物种)。 示例:

head(df)
         Unique   Yr Si   Qd      YrSi                   Taxa Count Size SLength
6  2007-M1-1991 2007 M1 1991 2007 - M1 Carpophyllum flexuosum     7   10        
7  2007-M1-1991 2007 M1 1991 2007 - M1 Carpophyllum flexuosum     1   15        
8  2007-M1-1991 2007 M1 1991 2007 - M1 Carpophyllum flexuosum     5   20        
9  2007-M1-1991 2007 M1 1991 2007 - M1 Carpophyllum flexuosum     4   25        
10 2007-M1-1991 2007 M1 1991 2007 - M1 Carpophyllum flexuosum     4   30        
11 2007-M1-1991 2007 M1 1991 2007 - M1 Carpophyllum flexuosum     1   35  

我尝试使用 ddply 中嵌入的 weighted.mean。但计算错误,我得到了所有 YrSi 中所有物种的相同值。我怀疑它对所有物种和样本应用了 weighted.mean 计算。

wt_mean.df = ddply(df, c("YrSi","Taxa"),
 function(x) weighted.mean(df$Size, df$Count))
head(wt_mean.df)
       YrSi                        Taxa       V1
1 2007 - C1           Buccinulum lineum 21.22346
2 2007 - C1       Cantharidus purpureus 21.22346
3 2007 - C1 Carpophyllum maschalocarpum 21.22346
4 2007 - C1           Cominella virgata 21.22346
5 2007 - C1              Cookia sulcata 21.22346
6 2007 - C1            Ecklonia radiata 21.22346
head(wt_mean.df)
       YrSi                        Taxa       V1
1 2007 - C1           Buccinulum lineum 21.22346
2 2007 - C1       Cantharidus purpureus 21.22346
3 2007 - C1 Carpophyllum maschalocarpum 21.22346
4 2007 - C1           Cominella virgata 21.22346
5 2007 - C1              Cookia sulcata 21.22346
6 2007 - C1            Ecklonia radiata 21.22346

计算错误,我得到了所有 YrSi 中所有物种的相同值。我怀疑它对所有物种和样本应用了 weighted.mean 计算。

tail(wt_mean.df)
          YrSi                 Taxa       V1
1603 2019 - T5   Maoricolpus roseus 21.22346
1604 2019 - T5 Patiriella regularis 21.22346
1605 2019 - T5  Sargassum scabridum 21.22346
1606 2019 - T5 Sargassum sinclairii 21.22346
1607 2019 - T5      Trochus viridus 21.22346
1608 2019 - T5   Zonaria turneriana 21.22346

我做错了什么?为什么我在 V1 中得不到正确的加权平均值? 另外,最好也获得加权 sd,但我还没有研究过。 请帮忙

Dplyr 可能是您的简单解决方案。

library(dplyr)
output <- df%>%
  group_by(Yr, Si, Taxa) %>%
  summarise(wMean = weighted.mean(Size, Count))