rpy2：如何从 Python 回调函数 return 向量到 R？

Question

我正在尝试从 Python 调用 R 包中的函数。 R 函数需要一个回调函数，该函数接受一个值向量，进行一些计算，并且 return 是一个结果向量。

我能够使回调正常工作，但前提是它 return 是标量。所有 return 多个值的尝试都会导致 rpy2 抛出 ValueError。

从rpy2.robject开始，我尝试了 FloatVectors 和 IntVectors。我还尝试将我的 Python 列表转换为 numpy 数组或 pandas 数据帧，然后使用 rpy2 的接口进行转换。 None 工作。

明确地说，我能够成功地使用所有这些方法来创建我可以从 Python 传递到 R 函数的参数列表的对象。我只在尝试 return 来自 Python 回调的向量时收到错误。

我已将问题归结为一个简单的测试。这是接受然后调用回调函数的 R 代码：

Test <-
function(cb) {
    cb()
}

而且，这是我用来调用 R 代码的 Python 代码：

import rpy2.rinterface as ri
from rpy2 import robjects

robjects.r('source("Test.R")')
test = robjects.r['Test']

@ri.rternalize
def cb_test():

    return robjects.FloatVector([1.0, 2.0, 3.0])

test(cb_test)

预期结果：

FloatVector with 3 elements.
1.000000    2.000000    3.000000

实际结果：

<class 'ValueError'>: [1] 1 2 3

提前感谢任何能找出我做错了什么的人。

Answer 1

问题也可以简单地重现：

import rpy2.rinterface as ri
ri.initr()

@ri.rternalize
def cb_test():
    return ri.FloatSexpVector([1.0, 2.0, 3.0])

cb_test()

这似乎是一个问题，现在在这里跟踪：https://bitbucket.org/rpy2/rpy2/issues/538/

编辑：代码库中有一个初步修复，通常会在周末发布 rpy2 的错误修复版本。

rpy2：如何从 Python 回调函数 return 向量到 R？

rpy2: How to return vector to R from Python callback function?

rpy2