一个简单的“paste0”命令在“draw”命令中不起作用？（复杂热图，r）

Question

作为使用 ComplexHeatmaps 的一部分，我需要创建一个字符串，以便将三张地图绘制在一起。

如果我有热图 A、B 和 C，我将需要这样做，

AllMaps <- A + B + C

draw(AllMaps)

这将在一张 canvas.

上绘制所有热图，A、B 和 C

然而，当我尝试使用我的热图列表执行此操作时（其中 A、B 和 C 存储在 HeatmapList 中）...

    AllMaps <- paste0("HeatmapList[['", names(HeatmapList[1]),
                       "']] + HeatmapList[['", names(HeatmapList[2]), 
                       "']] + HeatmapList[['", names(HeatmapList[3]), 
                       "']]"
                     )

    draw(AllMaps)

失败，我收到以下消息：

Error in (function (classes, fdef, mtable)  : 
  unable to find an inherited method for function ‘draw’ for signature ‘"character"

奇怪的是如果我然后运行 AllMaps 我得到：

"HeatmapList[['A']] + HeatmapList[['B']] + HeatmapList[['C']]"

显示 paste0 正确打印出我的对象名称列表。然后，如果我将该输出直接复制并粘贴到 draw，就可以了！例如

#This works
draw(HeatmapList[['A']] + HeatmapList[['B']] + HeatmapList[['C']])

那么 paste0 和 draw 有什么关系，而我自己运行却没有？

如果您想运行它并亲自查看，请查看以下示例：

#Get the most recent ComplexHeatmaps Package
library(devtools)
install_github("jokergoo/ComplexHeatmap", force = TRUE)
library(ComplexHeatmap)


#Make Example Matrices
Matrices = list()

Matrices[['Mtx1']] <- matrix(  c(2, 4, 5, 7), nrow=2, ncol=2, dimnames = list(c("Row1", "Row2"), c("C.1", "C.2"))) 
Matrices[['Mtx2']] <- matrix(  c(5, 1, 3, 9), nrow=2, ncol=2, dimnames = list(c("Row1", "Row2"), c("C.1", "C.2"))) 
Matrices[['Mtx3']] <- matrix(  c(8, 3, 7, 5), nrow=2, ncol=2, dimnames = list(c("Row1", "Row2"), c("C.1", "C.2"))) 

#Create Heatmaps
HeatmapList = c()

HeatmapList <- lapply(Matrices, function(q) {
  Heatmap(q, name = "a_name") 
})

names(HeatmapList) <- c('A', 'B', 'C')

#Draw a heatmap to check it's all working
draw(HeatmapList[[2]])

#Create Heatmap string so A, B and C can all be plotted together
AllMaps <- (paste0("HeatmapList[['", names(HeatmapList[1]), "']] + ",
                   "HeatmapList[['", names(HeatmapList[2]), "']] + ",
                   "HeatmapList[['", names(HeatmapList[3]), "']]" ))

#Draw using the string we just made --> DOESN"T WORK!
draw(AllMaps)

#Check the string --> LOOKS FINE, JUST AS IT SHOULD BE 
paste0(AllMaps)

# Copy and paste string manually into draw command --> THIS WORKS
draw(HeatmapList[['A']] + HeatmapList[['B']] + HeatmapList[['C']])

#SO WHY DOES THIS FAIL???
draw(AllMaps)

Answer 1

AllMaps 只是一个普通字符串，当您将它传递给 draw 函数而不是将其作为 HeatmapList 对象时，它会将其评估为一个字符，因此它给出了错误信息。一种选择是使用 eval(parse(text 将字符串评估为 HeatmapList object

draw(eval(parse(text = AllMaps)))

虽然这可行，但通常不推荐使用 eval(parse。

如果你检查AllMaps的class是字符

class(AllMaps)
#[1] "character"

如果你勾选

class(HeatmapList[['A']] + HeatmapList[['B']] + HeatmapList[['C']])

#[1] "HeatmapList"
#attr(,"package")
#[1] "ComplexHeatmap"

所以我们需要将这些单独的对象放入 HeatmapList class。

我们可以使用一个简单的for循环

HeatmapList = c()

for (i in seq_len(length(Matrices))) {
  HeatmapList = HeatmapList + Heatmap(Matrices[[i]], name = "a_name") 
}

现在在 HeatmapList 上使用 draw 方法，这将为我们提供预期的输出

draw(HeatmapList)

一个简单的“paste0”命令在“draw”命令中不起作用？ （复杂热图，r）

A Simple `paste0` Command is Not Working Within a `draw` Command? (ComplexHeatmap, r)

r

list

paste

draw

heatmap

一个简单的“paste0”命令在“draw”命令中不起作用？（复杂热图，r）