在闪亮的 flexdashboard 上加载 RBioFormats 时出错

Question

我有一个使用 flexdashboard 的闪亮应用程序，我想继续前段时间开始的开发过程。

此应用程序使用来自 Bioconductor 的 RBioFormats 包，现在我无法启动我的应用程序。经过一些试验，当启动带有闪亮的 flexdashboard 时会发生这种情况。这次崩溃的原因是试图在 flexdashboard-shiny 应用程序上加载 RBioFormats 库。

另一方面，在纯 shiny 应用程序（没有 flexdashboard）或纯 flexdashboard non-shiny 上，应用程序运行正常。我在其他脚本中使用 RBioFormats，它也能正常工作。

这里我post一个简单的崩溃例子：

---
title: "Untitled"
output: flexdashboard::flex_dashboard
runtime: shiny
---

```{r setup, include=FALSE}
library(flexdashboard)
library(RBioFormats)
```

Column
-----------------------------------------------------------------------

### Chart A

```{r}

```

这个，抛出这个错误：

Session 信息：

R version 3.5.3 (2019-03-11)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Arch Linux

Matrix products: default
BLAS: /usr/lib/libblas.so.3.8.0
LAPACK: /usr/lib/liblapack.so.3.8.0

locale:
 [1] LC_CTYPE=es_ES.UTF-8       LC_NUMERIC=C               LC_TIME=es_ES.UTF-8       
 [4] LC_COLLATE=es_ES.UTF-8     LC_MONETARY=es_ES.UTF-8    LC_MESSAGES=es_ES.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=es_ES.UTF-8       LC_NAME=C                  LC_ADDRESS=C              
[10] LC_TELEPHONE=C             LC_MEASUREMENT=es_ES.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] compiler_3.5.3        htmltools_0.3.6       tools_3.5.3           flexdashboard_0.5.1.1
 [5] yaml_2.2.0            Rcpp_1.0.1            rmarkdown_1.12        knitr_1.22           
 [9] jsonlite_1.6          xfun_0.6              digest_0.6.18         evaluate_0.13        
>

Answer 1

将 Java 运行时环境从 v11 降级到 v8 可以解决问题。 Java v10 产生了同样的崩溃

在闪亮的 flexdashboard 上加载 RBioFormats 时出错

Error to load RBioFormats on shiny flexdashboard

r

shiny

bioconductor

flexdashboard