从两个向量和一个矩阵创建 3D 曲面图

Question

我有两个向量和一个二维矩阵，我想从中创建一个 3D 曲面图。我已经将我的数据分成 X 和 Y（矢量（时间 "t" 和波长 "w"）和 Z（矩阵；时间和波长的吸光度 "NIR"），具有相同数量的 rows/columns 分别为：

t = matrix(1:456, ncol= 1)
w = matrix(1350:1650, nrow = 1)
NIR = as.matrix(read.table("NIR_alle_pur.txt", header = TRUE, dec =","))
colnames(NIR) = c(paste0("NIR.", 1350:1650))
dim(NIR)
# [1] 456 301
dput(NIR_example)
structure(c(60771.93, 57230.56, 56235.96, 41617.47, 41709.93, 
57466.6, 59916.97, 63376.4, 41966.73, 41254.34, 65535, 61468.76, 
65535, 41238.03, 42530.97, 56936.03, 65009.4, 65535, 40375.5, 
41021.6, 62757, 65455.44, 63795.6, 41349.6, 41178.2), .Dim = c(5L, 
5L), .Dimnames = list(NULL, c("NIR.Spectrum_1350.0000000", "NIR.Spectrum_1351.0000000", 
"NIR.Spectrum_1352.0000000", "NIR.Spectrum_1353.0000000", "NIR.Spectrum_1354.0000000"
)))

我试图将它们插入到 rgl.surface 函数中，但我收到以下错误消息：

rgl.surface(x, y, z, coords = 1:3) 中的错误：行的维度错误

我也试过用plotly绘制它们，但我的成功率同样低。

有人可以告诉我如何让我的光谱数据看起来像 this site 上的最后一个（多个表面）吗？我稍后会尝试使用 plotly 覆盖表面！

对于我的水平上的每一个额外输入和信息，我都很高兴！谢谢！

Answer 1

查看源代码后，我猜问题出在您将 x 和 y 向量存储为矩阵。如果它们是矩阵，则它们的形状必须与 z 相同。

正如我在评论中提到的，您应该避免使用 rgl.surface（大多数情况下还有其他 rgl.* 函数），而是使用 surface3d 或 persp3d 如果你想要坐标轴。

*3d 函数是更高级的函数，其行为更像其他 R 函数，并且它们在较长的运行.

中会导致更少的问题

您还没有 post 任何数据，所以我将 post 一个完全人为的例子。假设 z = x^2 + y^2 + a，其中 a 是每个表面的不同常数。然后你可以这样画：

x <- seq(-2, 2, length = 7) 
y <- seq(-3, 3, length = 5)  # I've chosen different ranges 
                             # and lengths just to illustrate.
z <- outer(x, y, function(x, y) x^2 + y^2)

colours <- heat.colors(100)
minval <- min(z)
maxval <- max(z) + 10
col <- colours[(z - minval)/(maxval - minval)*99 + 1]
persp3d(x, y, z, col = col)  # get axes the first time

z <- outer(x, y, function(x, y) x^2 + y^2 + 5)
col <- colours[(z - minval)/(maxval - minval)*99 + 1]
surface3d(x, y, z, col = col)  

z <- outer(x, y, function(x, y) x^2 + y^2 + 10)
col <- colours[(z - minval)/(maxval - minval)*99 + 1]
surface3d(x, y, z, col = col) 

aspect3d(1, 1, 1)  # Make axes all equal

产生这个情节：

从两个向量和一个矩阵创建 3D 曲面图

Creating a 3D surface plot from two vectors and a matrix

plot

r

surface

rgl