在 R 中使用 doParallel 在 foreach 循环中使用栅格堆栈

Question

我想在 R 中对大型栅格堆栈中的每一层执行一系列计算，并将每一层的结果保存为单独的栅格供以后使用。我正在尝试使用 foreach 和 doParallel 加快进程。这是基本代码，对堆栈中的每一层进行了简单的计算 (*3)：

library(raster)
library(doParallel)

RasterStack<- stack(system.file("external/rlogo.grd", package="raster")) 
RasterStack<-addLayer(RasterStack,RasterStack)

cl <- makeCluster(2)
registerDoParallel(cl)

RasterStack<- stack(system.file("external/rlogo.grd", package="raster")) 
RasterStack<-addLayer(RasterStack,RasterStack)

foreach(rasname=iter(names(RasterStack)),packages="raster") %dopar%{
  ras<-RasterStack[[rasname]]*3
  save(ras,file=paste0(rasname,"_new.Rras"))
}

大部分都有效，但前 N 层未处理，其中 N 是节点数（例如上面的 2）。我收到以下错误：{ 错误：任务 1 失败 - "this S4 class is not subsettable"。该错误主要仅在所有其他层都已正确处理后发生（即只有前 N 层不起作用，并且这通常不会阻止其他层的处理——尽管偶尔会发生）。如果运行按顺序使用 %do%.

，则所有层都得到正确处理任何人都可以解释这种行为或提供解决方案吗？
谢谢

Answer 1

好像只缺了packages前面的.。这对我有用：

foreach(rasname = iter(names(RasterStack)), .packages = "raster") %dopar% {
  ras <- RasterStack[[rasname]] * 3
  save(ras, file = paste0(rasname, "_new.Rras"))
}

Answer 2

如果您希望将结果放入新的堆栈而不是单独的文件中：

# libraries
library(raster)
library(doParallel)

# fake data
RasterStack1 <- stack(system.file("external/rlogo.grd", package="raster")) 
RasterStack1 <- addLayer(RasterStack1, RasterStack1)
plot(RasterStack1)

# make cluster
cl <- makeCluster(2)
registerDoParallel(cl)

# parallel loop
RasterStack2 <- foreach(rasname=iter(names(RasterStack1)), 
                    .packages="raster") %dopar% {
RasterStack1[[rasname]]*3
}

# make result a stack
RasterStack2 <- stack(RasterStack2)
plot(RasterStack2)

# stop cluster
stopCluster(cl)

在 R 中使用 doParallel 在 foreach 循环中使用栅格堆栈

Use a raster Stack in foreach loop with doParallel in R

foreach

r

raster