使用 MendelianRandomization 从自己的数据创建一个新对象

Question

我需要在 R 的孟德尔随机化包中使用我自己的数据创建一个对象。它指示使用函数 'mr_input' 逐个槽地创建一个 'MRInput' class 对象槽通过下面的例子。

    MRInputObject <- mr_input(bx = ldlc, 
                      bxse = ldlcse, 
                      by = chdlodds, 
                      byse = chdloddsse)

有人可以帮助我如何使用 mr_input 函数创建自己数据的对象吗？这是包说明的 link： https://cran.r-project.org/web/packages/MendelianRandomization/vignettes/Vignette_MR.pdf

我的数据是 .txt 格式，看起来像这样；

    > dput(head(Sample_MR_data,10))

    structure(list(SNP = c("SNP_1", "SNP_2", "SNP_3", "SNP_4", "SNP_5", "SNP_6", "SNP_7", "SNP_8", "SNP_9", "SNP_10"), exposure.beta = c(-0.0062, -0.034, -0.0052, -0.028, 0.0076, 0.013, -0.0094, 0.0011, -0.024, -0.023), exposure.se = c(0.017, 0.016, 0.016, 0.016, 0.024, 0.02, 0.024, 0.02, 0.028, 0.018), outcome.beta = c(0.0026, 0.026, -0.023, -0.017, 0.012, 0.03, -0.0048, 0.026, -0.033,-0.0046),outcome.se = c(0.017, 0.03, 0.018, 0.037, 0.034, 0.02, 0.022, 0.034, 0.033, 0.017)),row.names = c(NA, 10L), class = "data.frame")

Answer 1

关键是让您的数据与 mr_input 定义的数据相同 slots。使用 coursedata。您可以使用 getSlots("MRInput").

找到可用的插槽

mr_input(bx=coursedata$bx,bxse=coursedata$bxse,by=coursedata$by,
         byse=coursedata$byse)


 SNP exposure.beta exposure.se outcome.beta outcome.se
1 snp_1        0.1357      0.0676     -0.00855     0.0875
2 snp_2        0.4938      0.1015      0.25656     0.1325
3 snp_3        0.3476      0.1015      0.27784     0.1316
4 snp_4        0.0679      0.0980      0.17189     0.1265

使用规范方式：

new("MRInput",betaX=1,betaY=2,snps="snp_10")

结果：警告，因为我还没有用完所有插槽：

Vectors do not all have the same length.      SNP LDL-c.beta LDL-c.se CHD.beta CHD.se
1  snp_10          1    0.004        2 0.0286
2  snp_10          1    0.004        2 0.0300
3  snp_10          1    0.004        2 0.0310
4  snp_10          1    0.003        2 0.0243
5  snp_10          1    0.003        2 0.0222
6  snp_10          1    0.006        2 0.0667

使用 MendelianRandomization 从自己的数据创建一个新对象

Create a new object from own data using MendelianRandomization

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s4