创建不同的子集，绘制它们并存储图

Question

我有一系列大型数据框，如下所示：

Year   Variable   Class
1999   0.4504     a
1999   0.4244     a
1999   0.8980     b
1999   0.8901     b
2000   0.2552     a
2000   0.6504     a
2000   0.7830     b
2000   0.2030     b
...    ...        ...
...    ...        ...
2018   0.6520     a
2018   0.1403     a
2018   0.4502     b
2018   0.1240     b

每年有 15 个不同的 classes 和至少 500 个观测值 class。我想做的是为每年和 class（所以 20 年 * 15 classes = 300 个子集）创建一个子集，并制作一个 Q-Q 图来查看它们的分布，看看它们有多少不同于常态。

问题是，即使我可以用循环创建子集，我也不知道如何存储这些图以供日后查看。

想法是这样的：

library(data.table)
library(ggpubr)

dataframe_list <- list.files(path="B:/Data/", pattern=".csv", full.names=TRUE)
years <- c(1999:2018)

for (i in 1:13){
  db <- fread(dataframe_list[i])
  for (j in 1:length(years)){
    db_year <- subset(db, db$Year==years[j])
    class <- levels(as.factor(db_year$Class))
    for (k in 1:length(class)){
      db_year_class <- subset(db_year, db_year$Class==class[k])
    } 
  }
}

使用以下方法在第三个循环中制作绘图：

ggqqplot(db_year_class$Variable)

并以某种方式存储它，直到我在循环结束时拥有所有这些。由于列表中的每个数据帧至少有 300 个，因此将每个数据帧的绘图存储在一个文件中会很棒。

编辑好的，我就是这样改编的：

library(data.table)
library(ggpubr)

dataframe_list <- list.files(path="B:/Data/", pattern=".csv", full.names=TRUE)
df <- c(A, B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M)
years <- c(1999:2018)
plot_list <- list()

for (i in 1:13){
  db <- fread(dataframe_list[i])
  for (j in 1:length(years)){
    db_year <- subset(db, db$Year==years[j])
    class <- levels(as.factor(db_year$Class))
    for (k in 1:length(class)){
      db_year_class <- subset(db_year, db_year$Class==class[k])
      plot_list[[k]] <- ggqqplot(db_year_class$Variable)+ggtitle(paste0("Code_0_", df[i], "_", years[j], "_", class[k]))
      outfiles <- paste0("B:/Results/Plot/Code_0_", df[i], "_", years[j], ".pdf")
      pdf(file=outfiles, onefile = TRUE)
      for(z in seq_along(list)) {
        print(plot_list[[z]])
      }
      dev.off()
    } 
  }
}

结果是每年的 pdf，这不是很方便，但否则使用列表对象将不起作用：列表将在循环结束时被覆盖。

Answer 1

这是供您使用的原型 - 我只是对 mtcars 数据集中的 cyl 值进行了一次循环，但您可以将其扩展到您的用例：

library(ggplot2)
#container list to hold ggplots
l <- list()

#unique cylinder groups
cyl_groups <- sort(unique(mtcars$cyl))

#iterate through each cylinder group, plotting mpg vs disp
for(j in seq_along(cyl_groups)){
  l[[j]] <- ggplot(mtcars[mtcars$cyl == cyl_groups[[j]], ], aes(mpg, disp)) + geom_point() + ggtitle(paste0("Cylinders = ", cyl_groups[j]))
}

#save into one PDF
pdf("plots.pdf", onefile = TRUE)
for(i in seq_along(l)) {
  print(l[[i]])
}
dev.off()

这为您提供了 PDF 格式，每个图都有一页。

创建不同的子集，绘制它们并存储图

Create different subsets, plot them and store the plots

r

dataframe

ggpubr