pheatmap scale="row" 在 hclust(d, method = method) 中给出错误：NA/NaN/Inf 在外部函数调用中

Question

我正在尝试使用 R 中的 pheatmap 包创建一个包含基因表达值的热图。我已经多次使用该代码，直到今天才遇到问题。似乎当我执行 scale="row" 时，我最终遇到了这个错误。我无法创建 z 分数。所以可能有些行没有发生这种情况的可变性。我怎样才能摆脱这个。该矩阵有 1100 行和 9 列。我的代码：

data  <- read.table("~path/DEGs_DESeq.txt",sep="\t")
data2 <- as.matrix(data[,2:9])
data3 <- data2[-1,]
samples <- data2[1,]
genes <- data[2:length(data2[,1]),1]
vett <- as.numeric(data3)
data4 <- matrix(vett, length(genes), length(samples), dimnames=list(paste(genes),paste(samples))) 
head(data4)

pheatmap(as.matrix(data4), col=bluered(200), scale="row", key=T, keysize=1.5,
    density.info="none", trace="none",cexCol=0.6, fontsize_row=8, fontsize_col=10)

hclust(d, method = method) 错误： NA/NaN/Inf 在外部函数调用中 (arg 11)

我怎样才能摆脱这个错误？

Answer 1

我实际上已经解决了。我不得不删除在执行 z 分数计算时没有出现 SD 的行，它重建了热图。谢谢

Answer 2

您可能在数据框中拥有具有 0 个值的所有行

pheatmap scale="row" 在 hclust(d, method = method) 中给出错误：NA/NaN/Inf 在外部函数调用中

pheatmap scale="row" giving Error in hclust(d, method = method) : NA/NaN/Inf in foreign function call

scaling

r

heatmap

na

pheatmap