编写一个脚本，该脚本使用 agrep 逐个循环遍历文档中的行与另一个文档中的行并获得结果

Question

我正在尝试编写一个脚本，该脚本使用 agrep 循环遍历一个文档中的文件并将它们与另一个文档进行匹配。我相信这可能会使用嵌套循环，但我并不完全确定。在模板文档中，我需要它获取一个字符串并将其与另一个文档中的其他字符串进行匹配，然后移动到下一个字符串并再次匹配它

如果由于某些奇怪的原因无法看到图像，我也将链接包含在此处的底部。另外，如果您需要我解释更多，请告诉我。这是我的第一个 post，所以我不确定会如何看待它，或者我是否使用了正确的术语 :)

Template agrep/highlighted- https://imgur.com/kJvySbW
Matching strings not highlighted- https://imgur.com/NHBlB2R

我已经在各种网站上查看过有关循环的内容

#!/bin/bash
#agrep script
echo ${BASH_VERSION}


TemplateSpacers="/Users/kj/Documents/Research/Dr. Gage 
Research/Thesis/FastA files for AGREP 
test/Template/TA21_spacers.fasta"
MatchingSpacers="/Users/kj/Documents/Research/Dr. Gage 
Research/Thesis/FastA files for AGREP test/Matching/TA26_spacers.fasta"

for * in filename 

do 

agrep -3 * to file im comparing to  

#potentially may need to use nested loop but not sure

Answer 1

好的，我想我现在明白了。这应该可以帮助您入门。

#!/bin/bash

document="documentToSearchIn.txt"

grep -v spacer fileWithSearchStrings.txt | while read srchstr ; do
   echo "Searching for $srchstr in $document"
   echo agrep -3 "$srchstr" "$document"
done

如果看起来正确，请再次删除 agrep 和运行之前的 echo。

如果，正如您在评论中所说，您想将脚本存储在其他地方，例如 $HOME/bin，您可以这样做：

mkdir $HOME/bin

将上面的脚本保存为$HOME/bin/search。现在使它可执行（只需要一次）：

chmod +x $HOME/bin/search

现在将 $HOME/bin 添加到您的 PATH 中。所以，找到开始的行：

export PATH=...

在您的登录配置文件中，将其更改为包含新目录：

export PATH=$PATH:$HOME/bin

然后启动一个新的终端，你应该可以运行:

search

如果您希望能够指定字符串文件的名称和要在其中搜索的文档，您可以将代码更改为：

#!/bin/bash

# Pick up parameters, if supplied
#   1st param is name of file with strings to search for
#   2nd param is name of document to search in
str=${1:-""}
doc=${2:-""}

# Ensure name of strings file is valid
while : ; do
   [ -f "$str" ] && break
   read -p "Enter strings filename:" str
done

# Ensure name of document file is valid
while : ; do
   [ -f "$doc" ] && break
   read -p "Enter document name:" doc
done

echo "Search for strings from: $str, searching in document: $doc"

grep -v spacer "$str" | while read srchstr ; do
   echo "Searching for $str in $doc"
   echo agrep -3 "$str" "$doc"
done

那么你可以运行:

search path/to/file/with/strings path/to/document/to/search/in

或者，如果您运行喜欢这样：

search

它会要求您提供 2 个文件名。

编写一个脚本，该脚本使用 agrep 逐个循环遍历文档中的行与另一个文档中的行并获得结果

Writing a script that uses agrep to loop through lines in a document one by one against lines in another document and getting a result

bash

loops

fasta

agrep