如何在 Jupyter (IPython, rpy2) 中获得交互式 R 输出，例如进度条？

Question

我正在尝试在 Jupyter 中使用内置的 R 进度条 (txtProgressBar) 和 %%R 魔法。虽然它在 R 控制台或 RStudio 中执行时确实会产生漂亮的动画，但它不会在具有 rpy2 扩展名的 Jupyter（笔记本或实验室）中产生所需的输出，而是在完成后立即打印所有步骤（这使得进度酒吧没用）。两个问题：

我怎样才能让它发挥作用？
如果还不可能，我该如何在 rpy2 端实现此功能（我已经知道如何在 Jupyter/IPython 端实现交互式 output/widgets）？

这是来自 rfunction.com 的进度条的简单片段：

%%R
SEQ  <- seq(1,100)
pb   <- txtProgressBar(1, 100, style=3)
TIME <- Sys.time()
for(i in SEQ){
  Sys.sleep(0.02)
  setTxtProgressBar(pb, i)
}

对于 rpy2 的新手：需要使用 pip install rpy2 安装它，需要使用 %load_ext rpy2.ipython.

在 Jupyter 中加载魔法

编辑：我现在使用的解决方法是通过 robjects.r:

手动调用代码

from rpy2.robjects import r
r("""
SEQ  <- seq(1,100)
pb   <- txtProgressBar(1, 100, style=3)
TIME <- Sys.time()
for(i in SEQ){
  Sys.sleep(0.02)
  setTxtProgressBar(pb, i)
}
""")

然而这并不理想——我更愿意保留 rpy2 的 Rmagic 的所有优点。

Answer 1

应该有一种方法可以实现这一点，因为 R 魔术正在调用 robjects.r()（就像您在解决方法中一样）。

简而言之，当您提交 %%R jupyter 单元进行评估时会发生以下情况。

评估 %%R 行上的参数，并在评估 R 代码之前完成最终设置（例如，使用本地转换器、转换输入参数等...）
%%R 单元格其余部分中的 R 代码在 R "Global Environment" 中作为代码字符串求值
退出设置运行并返回结果

第二步本质上是对 R C API 的调用，GIL 使该过程中唯一的 activity 发生。但是，rpy2 正在定义默认回调，将 R 的打印重新路由到 terminal/console 到 Python 自己的 print()，这就是为什么你看到打印的原因，因为代码是运行ning你打给 robjects.r().

的电话

我看到 R magic is caching the R output, and while there is an attribute cache_display_data that should control this is it not used. This is bug, for the reason your are asking on Whosebug, and because an R code block printing a lot would use more memory than needed (and even exhaust all RAM). I do not know whether it has always be present or it was introduced during code refactoring; it is now tracked here: https://bitbucket.org/rpy2/rpy2/issues/543

编辑： 该修复程序现已在存储库中，并将成为 rpy2-3.0.3（可能今天发布）的一部分。

如何在 Jupyter (IPython, rpy2) 中获得交互式 R 输出，例如进度条？

How to get interactive R output in Jupyter (IPython, rpy2), e.g. for a progress bar?

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