与 colnames 共同的 Highliging 基因

Question

我有一个空矩阵，其中基因在列中，样本在行中，例如

> head(empty_matrix[,1:4])
      TP53 CDKN2A KRAS MYC
t_005   NA     NA   NA  NA
o_005   NA     NA   NA  NA
t_013   NA     NA   NA  NA
o_013   NA     NA   NA  NA
o_021   NA     NA   NA  NA
o_036   NA     NA   NA  NA
>

对于每个样本，我都有一个基因列表；例如对于示例 t_005 我有这些基因我想突出显示哪些存在于我的空矩阵的名称中

LRRK2
NAV3
PCDH17
AXIN1
ZFHX3
TP53
SMAD4
CCDC102B
STK11
SCN3A
CHL1
CTNNB1
EPHA3
SLIT2
FBXW7
ARID1B
EGFR
ABCB1
CDK6
BRAF
KCNQ3

如果我的矩阵的列名中存在一个基因，我想为此写 MUT;；例如样本 t_005 如果我有 基因 TP53 我要写 MUT; 列对应基因 TP53 和样本 t_005 因为 TP53 存在于我矩阵的同名中我不知道该怎么做

Answer 1

https://www.biostars.org/p/305509/在这个post我找到了答案

与 colnames 共同的 Highliging 基因

Highliging genes common with colnames

loops

intersection

r