如何使用 nibabel 修改 mgh/dicom/nifti 文件的方向

Question

我很难为 3 个不同的视图（即冠状视图、轴向视图和矢状视图）找出合适的仿射变换，每个视图都有如下不同的问题：

1：轴向彩色图与矢状原始视图重叠。

2：类似地，矢状彩色图与轴向原始图像重叠。

3：每个人都有一些方向问题，比如当日冕的彩色地图和原始图像正确但方向错误时，这里最明显。

我正在保存发送到服务器的原始文件以进行某种预测，它会生成一个颜色图和 returns 该文件以供可视化，稍后我将所有内容一起显示。

预测后在服务器中，这里是保存文件的代码。

 nifti_img = nib.MGHImage(idx, affine, header=header)

而affine和header是从我发送的文件中提取的原始仿射和header。

我需要处理以 Numpy 数组格式保存原始数据的 "idx" 值，但不确定具体要做什么。这里需要帮助。

正在努力使用 nibabel python 库来解决问题，但由于我对这些文件的工作原理和仿射变换的了解非常有限，我我很难弄清楚我应该怎么做才能使它们正确。

我在前端使用带有 threejs 支持的 AMI js，在后端使用带有 python 的 nibabel。任何地方的前端或后端解决方案都是可以接受的。

请帮忙。提前致谢。

Answer 1

很简单，使用 numpy.moveaxis() 和 numpy.flip() 对来自 nibabel 的原始数据进行操作。如下。

    # Getting raw data back to process for better orienation and label mapping.
    orig_img_data = nib.MGHImage(numpy_arr, affine)
    nifti_img = nib.MGHImage(segmented_arr_output, affine)  

    # Getting original and predicted data to preprocess to original shape and view for visualisation.
    orig_img = orig_img_data.get_fdata()
    seg_img = nifti_img.get_fdata()

    # Placing proper views in proper place and flipping it for a better visualisation as required.
    # moveaxis to get original order.
    orig_img_ = np.moveaxis(orig_img, -1, 0)
    seg_img = np.moveaxis(seg_img, -1, 0)

    # Flip axis to overcome mirror image/ flipped view.        
    orig_img_ = np.flip(orig_img_, 2)
    seg_img = np.flip(seg_img, 2)

    orig_img_data_ = nib.MGHImage(orig_img_.astype(np.uint8), np.eye(4), header)
    nifti_img_ = nib.MGHImage(seg_img.astype(np.uint8), np.eye(4), header)

注意：使用相同的仿射矩阵将这两个数组回绕起来非常重要。 4*4 单位矩阵比使用原始仿射矩阵更好，因为这给我带来了问题。

Answer 2

img = nib.load(img_path)

# check the orientation you wanna reorient.
# For example, the original orientation of img is RPI,
# you wanna reorient it to RAS, the second the third axes should be flipped
# ornt[P, 1] is flip of axis N, where 1 means no flip and -1 means flip.
ornt = np.array([[0, 1],
                [1, -1],
                [2, -1]])

img_orient = img.as_reoriented(ornt)
nib.save(img_orient, img_path)

如何使用 nibabel 修改 mgh/dicom/nifti 文件的方向

How to modify orientation of mgh/dicom/nifti file using nibabel

python-3.x

three.js

ami.js

numpy-ndarray

nibabel