我如何运行 Kruskal 和 post HOC 在 R 中的多个变量上？

Question

如果我没有正确格式化我的代码，请原谅，因为我是这个网站的新手。我也不知道如何正确提供示例数据。

我有一个42个obs的数据集。以及37个非正态分布数据的变量（第一列为组，3组）；我想比较 3 组之间的所有 36 个参数，然后进行后续 post hoc (pairwise.wilcox?)。

数据是三个不同患者组的流动细胞计数。我已经能够执行创建公式和运行 aov 的初始比较（虽然我想做 Kruskal）但是还没有找到一种方法来执行 post hoc 到相同的所有变量方式。

#Data
    Type   Neutrophils  Monocytes   NKC .....
    ------------------------------------------
    IN       546          2663      545
    IN       0797         7979      008
    OUT      0899         3899      345
    OUT      6868         44533     689
    HC       9898         43443     563


#Cbind all variable together to run model on all
    formula <- as.formula(paste0("cbind(", paste(names(LessCount)[-1], 
       collapse = ","), ") ~ Type"))
    print(formula)

#Run test on model
    fit <- aov(formula, data=LessCount)

#Print results
    summary(fit)

 Response Neutrophils :
            Df    Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)
Type         2  18173966 9086983  1.8099 0.1771
Residuals   39 195806220 5020672               

 Response Monocytes :
            Df   Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)
Type         2   694945  347472  0.7131 0.4964
Residuals   39 19004809  487303               

 Response Mono.Classic :
            Df   Sum Sq Mean Sq F value  Pr(>F)  
Type         2  1561778  780889  2.5842 0.08833 .
Residuals   39 11785116  302182  

###export anova####
    capture.output(summary(fit),file="test1.csv")

#If Significant,Check which# (currently doing by hand individually)
    pairwise.wilcox.test(LessCount$pDCs, LessCount$Type,
                     p.adjust.method = "BH")

我得到了 table 我控制台中每个变量的 aov 结果，但我想对 post hoc 做同样的事情，因为我需要每个 p 值。

提前致谢。

Answer 1

也许你可以直接使用函数 kruskal.test() 得到 p.values.

这是鸢尾花数据集的示例。我使用函数 apply() 以便将 kruskal.test 函数应用于每个变量（除了 Species，它是具有组信息的变量）。

data(iris)
apply(iris[-5], 2, function(x) kruskal.test(x = x, g = iris$Species)$p.value)

# Sepal.Length  Sepal.Width Petal.Length  Petal.Width 
# 8.918734e-22 1.569282e-14 4.803974e-29 3.261796e-29

我如何运行 Kruskal 和 post HOC 在 R 中的多个变量上？

How do I run Kruskal and post HOC on multiple variables in R?

loops

r

formula

anova

我如何 运行 Kruskal 和 post HOC 在 R 中的多个变量上？

How do I run Kruskal and post HOC on multiple variables in R?

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