创建迭代命名列表，变量名包括 with 运算符

Question

已解决

pheno_vector = c("PAX5+PDL1-", "CD3+CD8+PD1-", "CD3+CD8-PD1+")
n = length(pheno_vector)
for (i in 1:(n-1)){
  for (j in (i+1):n){
    pheno1 = pheno_vector[i]
    pheno2 = pheno_vector[j]
    pairs = list(c(pheno1, pheno2))

    colors = c("cyan", "magenta")
    names(colors) = c(pheno1,pheno2)
    print(colors)

产生

               PAX5+PDL1- CD3+CD8+PD1- 
                "cyan"    "magenta" 
               PAX5+PDL1- CD3+CD8-PD1+ 
                "cyan"    "magenta" 
             CD3+CD8+PD1- CD3+CD8-PD1+ 
                "cyan"    "magenta"

我在创建命名列表时遇到问题，其中的名称应该能够迭代更改，但应该粘贴以进行可视化绘图。

我正在处理来自 Vectra Imaging 的数据，涉及细胞的表型。

由于有多种表型，我想迭代地制作成对的表型以直观地绘制图，如 https://rdrr.io/github/PerkinElmer/phenoptr/man/spatial_distribution_report.html

中的示例所示

目前我的代码适应我的数据是这样的

pheno1 = "PAX5+PDL1-"
pheno2 = "CD3+CD8+PD1-"
pairs = list(c("PAX5+PDL1-", "CD3+CD8+PD1-"))
colors = c('PAX5+PDL1-'="cyan", 'CD3+CD8+PD1-'="magenta")
colors

这个returns

>  PAX5+PDL1- CD3+CD8+PD1- 
>     "cyan"    "magenta"

配对和颜色用于制作绘图。现在我想迭代地为我在数据中拥有的更多表型对绘制图表。最后，我想对 pheno1 进行循环，对从包含 .

的一般表型向量 pheno_vector 获得的 pheno2 进行循环

我试过的是

pheno1 = "PAX5+PDL1-"
pheno2 = "CD3+CD8+PD1-"
pairs = list(c(pheno1, pheno2))
colors = c(pheno1="cyan", pheno2="magenta")
colors

哪个returns

>     pheno1     pheno2 
>     "cyan"    "magenta"

我明白为什么我看到的是 pheno1 和 pheno2，而不是 "PAX5+PDL1-" 和 "CD3+CD8+PD1-"。我尝试了 Create a variable name with "paste" in R? 中的一些粘贴和评估方法，但没有成功。

Assign("PAX5+PDL1-", "cyan")

无法解决，因为我不知道如何将其放入命名列表中。

最后我想要这个结果

pheno_vector = c("PAX5+PDL1-", "CD3+CD8+PD1-", "CD3+CD8-PD1+")
for (pheno1 in pheno_vector){
 for (pheno2 in pheno_vector){
  if (uniqueness_statement and permutation_statement){
     pairs = list(c(pheno1, pheno2))
     colors = c(pheno1="cyan", pheno2="magenta")
     colors

哪个应该return

>     PAX5+PDL1-     CD3+CD8+PD1- 
>     "cyan"             "magenta" 
>     PAX5+PDL1-     CD3+CD8-PD1+ 
>     "cyan"              "magenta" 
>     CD3+CD8+PD1-   CD3+CD8-PD1+
>     "cyan"           "magenta"

所以这些是专门命名的列表，它们需要用于以后的绘图。

有人对此有解决方案吗？

Answer 1

您可以在 colors-vector 创建后命名它：

library(gtools)

pheno_perms <- permutations(length(pheno_vector), 2, pheno_vector)
combs <- apply(apply(pheno_perms, 1, sort), 2, paste0, collapse=' ')
pheno_perms <- pheno_perms[match(unique(combs), combs), ]

for (i in 1:nrow(pheno_perms)){
  pheno1 <- pheno_perms[i, 1]
  pheno2 <- pheno_perms[i, 2]
  pairs = list(c(pheno1, pheno2))
  colors = c("cyan", "magenta")
  names(colors) <- c(pheno1, pheno2)
  print(colors)
}

这会产生：

CD3+CD8-PD1+ CD3+CD8+PD1- 
      "cyan"    "magenta" 
CD3+CD8-PD1+   PAX5+PDL1- 
      "cyan"    "magenta" 
CD3+CD8+PD1-   PAX5+PDL1- 
      "cyan"    "magenta"

P.S.: 我希望我能正确解释你所说的 uniqueness_statement 和 permutation_statement!

的意思

创建迭代命名列表，变量名包括 with 运算符

creating iterative named lists, with variable names including with operators

string

r

list

names

assign