在 R 中更改 iGraph 中的 node/vertice 不透明度

Question

我有一个网络，当我绘制它时，它有许多重叠节点。我想更改颜色的不透明度，以便您可以在重叠时看到其他颜色下方的节点。例如，请观看此视频：https://vimeo.com/52390053

我正在使用 iGraph 进行绘图。这是一个简化的代码简介：

net1 <- graph.data.frame(myedgelist, vertices=nodeslist, directed = TRUE)

g <- graph.adjacency(get.adjacency(net1))

V(g)$color <- nodeslist$colors  #This is a set of specific colors corresponding to each node. They are in the format "skyblue3". (These plot correctly for me). 

E(g)$color <-"gray" 

plot.igraph(g)

但是，我无法在 iGraph 中找到更改节点颜色不透明度的选项。

知道我该怎么做吗？我想可能是 V(g)$alpha <- 0.8 之类的东西，但这没有任何作用。

Answer 1

您可能想试试，例如这个：

library(igraph)
set.seed(1)
g <- barabasi.game(200)
plot(g, 
     vertex.color = adjustcolor("SkyBlue2", alpha.f = .5), 
     vertex.label.color = adjustcolor("black", .5))

Answer 2

我觉得比lukeA提供的方法更容易控制的方法是使用rgb()。您可以根据其四个通道指定颜色（节点、节点框架、边缘等）：R、G、B 和 A（alpha）：

library(igraph)
set.seed(1)
g <- barabasi.game(200)
plot(g, 
     vertex.color = rgb(0,0,1,.5), 
     vertex.label.color = rgb(0,0,0,.5))

另一个优点是您可以根据矢量轻松改变 alpha（或颜色）。下面的示例并不完全实用，但您知道如何使用它：

library(igraph)
set.seed(1)
g <- barabasi.game(200)

col.vec <- runif(200,0,1)
alpha.vec <- runif(200,0,1)

plot(g, 
     vertex.color = rgb(0,0,col.vec,alpha.vec), 
     vertex.label.color = rgb(0,0,0,.5))

在 R 中更改 iGraph 中的 node/vertice 不透明度

Changing node/vertice opacity in iGraph in R

r

opacity

igraph

network-analysis