如何找到包在 R 中的加载方式？

Question

我刚刚更新了所有软件包并重新启动了系统。然后我加载了 RStudio，然后像往常一样运行我的脚本。

我收到一个错误：Error in wday(temp_date) : could not find function "wday"

搜索，我发现 wday 功能是润滑包的一部分，我安装了 lubricate 包，但没有加载。

所以似乎我更新的包中至少有一个以前依赖于润滑包，但现在不再依赖了，结果即使我的脚本加载了所有与以前相同的包，润滑包也被遗漏了。

因此，为了防止这种情况发生，我想知道如何从我的脚本中找出是什么加载了润滑包，如果可能的话，知道发生了什么变化。我还想知道我所有的包依赖关系，所以我总是知道这个包会加载那个包和其他包，所以我不会再像这样感到惊讶了。

更新： 我发现了更多的错误，慢慢地发现很多包和依赖项实际上并没有更新，必须手动安装。我发现我正在使用的 wday 来自 data.table 的 IDateTime。但是我又一次没有直接加载这些包，所以我怎么才能找出实际加载它们的内容。谢谢。

更新二： 这是我的图书馆调用的完整列表：

library(qmao);library(chron);library(tseries);library(iterators);library(erer);
library(corpcor); library(zoo); library(xts); library(quantmod);
library(TTR); library(graphics); library(ggplot2); library(gsee);
library(tseries); library(quantstrat); library(plyr); library(caTools);
library(zoo); library(chron); library(gtools); library(microbenchmark);
library(benchmark); library(rbenchmark); library(utils); library(Rcpp);
library(RcppXts); library(RcppArmadillo); library(gtools); library(rcppbugs);
library(RcppClassic); library(RcppStreams); library(inline); library(RcppEigen);
library(RcppParallel); library(RcppProgress); library(doParallel); library(parallel);
library(foreach); library(doMC); library(doSNOW); library(fGarch); library(FitAR);
library(fUnitRoots); library(dplyr);

None 其中包括润滑或 data.table，所以仍然不知道。我想我可以一个接一个地加载每个库，直到函数正常工作，但我真的没有时间或耐心。再次感谢。

Answer 1

我不是 R-internals 或 R-Core 人，所以其中一些是我的猜测和理解。

如果一个包从另一个包导入函数，无论是 one-by-one 还是整个 other-package，那么这些函数不应插入到您的搜索路径中.例如，dplyr 是一个相当复杂的包，它从其他几个包和可选的 re-exports 中导入一些包。例如，从它的 NAMESPACE:

importFrom(R6,R6Class)

但如果您 library(dplyr) 然后输入 R6Class，它会报告 Error: object 'R6Class' not found。但是，对 dplyr 函数可见：

> R6Class
Error: object 'R6Class' not found
> debug(dplyr::mutate)
> mutate(mtcars, cyl = 5)
debugging in: mutate(mtcars, cyl = 5)
debug: {
    UseMethod("mutate")
}
Browse[2]> R6Class
function (classname = NULL, public = list(), private = NULL, 
    active = NULL, inherit = NULL, lock_objects = TRUE, class = TRUE, 
    portable = TRUE, lock_class = FALSE, cloneable = TRUE, parent_env = parent.frame(), 
    lock) 
{
...

现在可以使用了，因为 dplyr::mutate 中的搜索路径是从 dplyr 的角度，而不是用户的角度。

结合这个我怀疑（虽然不确定）那些包会调用 library(data.table)，将包导入 your 搜索路径。

更有可能的是，您刚刚列出的其中一个包（我猜是 second-generation dependency-import）导入的包本身不正确地引用了 wday，当一些更高的包被正确加载时它才开始工作，将该功能带入其有效的搜索路径。

我建议两种方法来找出问题所在：

当你看到错误时，运行 traceback() 并查看函数调用的堆栈；这需要一些侦查，但要找到调用 wday 的位置，在包中找到该函数（包括导出函数和内部函数！），然后从那里开始。

如果所有包都在宣布它们导入的包时是彻底的（通过 Depends:、Imports:，甚至是 mis-used Suggests:） , 然后你可以找到嵌套依赖项的位置，就像这样。

pkgs <- trimws(unlist(strsplit(gsub("library\(([^)]*)\)", "\1", "library(qmao);library(chron);library(tseries);library(iterators);library(erer);
library(corpcor); library(zoo); library(xts); library(quantmod);
library(TTR); library(graphics); library(ggplot2); library(gsee);
library(tseries); library(quantstrat); library(plyr); library(caTools);
library(zoo); library(chron); library(gtools); library(microbenchmark);
library(benchmark); library(rbenchmark); library(utils); library(Rcpp);
library(RcppXts); library(RcppArmadillo); library(gtools); library(rcppbugs);
library(RcppClassic); library(RcppStreams); library(inline); library(RcppEigen);
library(RcppParallel); library(RcppProgress); library(doParallel); library(parallel);
library(foreach); library(doMC); library(doSNOW); library(fGarch); library(FitAR);
library(fUnitRoots); library(dplyr);"), ";")))
# just so I can search locally on mine without all of those packages
inst_pkgs <- installed.packages()
pkgs <- intersect(pkgs, inst_pkgs[,1])

# inexact but "good enough" for now
possibles <- Filter(function(a) any(grepl("data.table|lubridate", a)),
                    sapply(pkgs, function(p) unlist(packageDescription(p)[c("Depends","Imports","Suggests")])))
names(possibles)
# [1] "dplyr"

您可以通过查看该软件包的完整详细信息来找到更多信息：

possibles[[1]]["Suggests"]
#                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         Suggests 
# "bit64 (>= 0.9.7), callr (>= 3.1.1), covr (>= 3.0.1), DBI (>=\n0.7.14), dbplyr (>= 1.2.0), dtplyr (>= 0.0.2), ggplot2 (>=\n2.2.1), hms (>= 0.4.1), knitr (>= 1.19), Lahman (>= 3.0-1),\nlubridate (>= 1.7.4), MASS, mgcv (>= 1.8.23), microbenchmark\n(>= 1.4.4), nycflights13 (>= 0.2.2), rmarkdown (>= 1.8), RMySQL\n(>= 0.10.13), RPostgreSQL (>= 0.6.2), RSQLite (>= 2.0),\ntestthat (>= 2.0.0), withr (>= 2.1.1), broom (>= 0.5.1), purrr\n(>= 0.3.0), readr (>= 1.3.1), crayon (>= 1.3.4)"

如何找到包在 R 中的加载方式？

How to find how a package was loaded in R?

dependencies

r

dependency-management