R 3.2、GCC 和自制软件

Question

我最近需要安装 R 3.2 来让 Bioconductor 的软件包正常工作，但是在安装之后，我收到以下错误：

[16:16:11 20] $ r
dyld: Library not loaded: /usr/local/lib/gcc/4.9/libgfortran.3.dylib
  Referenced from: /usr/local/Cellar/r/3.2.0/R.framework/Versions/3.2/Resources/lib/libR.dylib
  Reason: image not found
Trace/BPT trap: 5

果然brew被设置为使用gcc 5，所以我告诉brew使用4.9版本

brew switch gcc 4.9

它得到了 R 运行，但是 R 会在包安装过程中失败（特别是当我运行 biocLite('DESeq2').

从那时起，我尝试了很多事情，包括尝试安装 gcc 4.8（但我似乎无法让 R 使用它，即使通过 ~/.R/Makevars）。即使没有安装4.9，R也坚持调用如上所示的路径

R 的 windows 版本似乎说 4.9 不适用于 3.2:

R-devel temporarily used a new toolchain based on 4.9.2 gcc, put together by Duncan Murdoch using build scripts written by a contractor. However, there were too many incompatibilities with existing code, and this toolchain will not be used for R 3.2.0. See notes for details on building and testing the new toolchain.

如有任何帮助，我们将不胜感激！

编辑：我尝试按照@lmw 的建议从源代码安装，但失败了：

[11:27:55 2] $ brew install r --build-from-source
==> Installing r from homebrew/homebrew-science
==> Installing r dependency: gcc
==> Downloading http://ftpmirror.gnu.org/gcc/gcc-5.1.0/gcc-5.1.0.tar.bz2
######################################################################## 100.0%
curl: (28) Resolving timed out after 5542 milliseconds
Trying a mirror...
==> Downloading https://ftp.gnu.org/gnu/gcc/gcc-5.1.0/gcc-5.1.0.tar.bz2
######################################################################## 100.0%
==> Patching
patching file gcc/jit/Make-lang.in
==> ../configure --build=x86_64-apple-darwin14.3.0 --prefix=/usr/local/Cellar/gcc/5.1.0 --libdir=/usr/local/Cellar/gc
==> make bootstrap
==> make install
==> Caveats
GCC has been built with multilib support. Notably, OpenMP may not work:
  https://gcc.gnu.org/bugzilla/show_bug.cgi?id=60670
If you need OpenMP support you may want to
  brew reinstall gcc --without-multilib
==> Summary
  /usr/local/Cellar/gcc/5.1.0: 1351 files, 248M, built in 32.5 minutes
==> Installing r
==> Using Homebrew-provided fortran compiler.
This may be changed by setting the FC environment variable.
==> Downloading http://cran.rstudio.com/src/base/R-3/R-3.2.0.tar.gz
######################################################################## 100.0%
==> Patching
patching file src/modules/lapack/vecLibg95c.c
==> ./configure --prefix=/usr/local/Cellar/r/3.2.0_1 --with-libintl-prefix=/usr/local/opt/gettext --enable-memory-pro
==> make
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded
* DONE (survival)
make[1]: *** [recommended-packages] Error 2
make: *** [stamp-recommended] Error 2

READ THIS: https://git.io/brew-troubleshooting
If reporting this issue please do so at (not Homebrew/homebrew):
  https://github.com/homebrew/homebrew-science/issues

编辑 2：只是为了好玩，我尝试在没有 --build-from-source 选项的情况下安装 r，并且成功了。请参阅下面的解决方案。（我认为从源代码构建可能已经解决了 gcc 5 升级的问题，这让事情开始了。我不打算尝试它（事情终于再次发生了.. .why screw with it?), 但我想知道我是否可以删除我在 ~/.R/Makevars 中设置的变量（再次，请参见下面的解决方案）。

Answer 1

从源代码重建 R 为我解决了同样的问题。

brew 重新安装 r --build-from-source

Answer 2

这不是一个完整的修复（它使用较旧的 gcc 版本），但它再次让我运行：

brew tap homebrew/homebrew-versions
brew install gcc48
brew install r
- 注意：我运行 brew install r --build-from-source（重新安装无效），它重建了 something，但不是 r（它失败了）。它可能对这项工作负有部分责任。如果是，请告诉我！如果他的回答是成功的原因，我想赞扬@lmw。

编辑 ~/.R/Makevars 并添加以下行（根据需要编辑路径）：

CC=/usr/local/Cellar/gcc48/4.8.4/bin/gcc-4.8
CXX=/usr/local/Cellar/gcc48/4.8.4/bin/g++-4.8
CFLAGS=-std=c99

运行 r.

（如果您正在尝试安装 bioconductor）

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite()

Answer 3

此问题已由 this commit 解决，并为 R 使用了新瓶。确保 brew update 和 brew upgrade r。

R 3.2、GCC 和自制软件

R 3.2, GCC, and homebrew

r

gcc

homebrew

gcc4.9