如何使用 base R 在小提琴图中添加均值

Question

我有资料

使用我的代码，我能够生成 violin plot。但是我不知道如何使用 base R（而不是 ggplot）将每个小提琴图中的均值放在数字中？

这是我的代码示例。

with(Data, vioplot(V1[Name=="M1"], V1[Name=="M2"], names=c("M1", "M2"), 
                   plotCentre="line", rectCol="white", col="gray", ylab="", 
                   ylim=c(0,80)))
title(ylab="A($m)", xlab="Name", main="AA")

非常感谢

Answer 1

您可以使用以下代码：

您的数据：

Data <- read.table(header = TRUE, 
            text = "Name    V1
                    M1      50 
                    M2      10 
                    M1      30
                    M1      45
                    M2      5
                    M2      7")

代码

library(vioplot)
library(dplyr)

## calculate the mean per group
DataMean <- Data %>% 
  group_by(Name) %>%
  summarize(mean = mean(V1))

## your plotting code
with(Data, vioplot(V1[Name=="M1"], V1[Name=="M2"], names=c("M1", "M2"), 
                   plotCentre="line", rectCol="white", col="gray", ylab="", 
                   ylim=c(0,80)))
title(ylab="A($m)", xlab="Name", main="AA")

## use base r 'text' to add the calculated means
## at position 1 and 2 on the X-axis, and
## at height of the Y-axis of 60 (2 times)
text(x = c(1, 2), y = c(60,60), labels = round(DataMean$mean, 2))

产生以下情节：

当然，我们可以调整文本的位置。如果我们希望均值出现在小提琴图内，我们将均值用作 Y-coordinates，并更改颜色以使其更明显（并将 X-coordinates 向右移动一点，组合浅灰色）。

### playing with position and color
with(Data, vioplot(V1[Name=="M1"], V1[Name=="M2"], names=c("M1", "M2"), 
                   plotCentre="line", rectCol="white", col="lightgray", ylab="", 
                   ylim=c(0,80)))
title(ylab="A($m)", xlab="Name", main="AA")
text(x = c(1.1, 2.1), y = DataMean$mean, labels = round(DataMean$mean, 2), col = "blue")

生成此图：

请告诉我这是否是您想要的。

如何使用 base R 在小提琴图中添加均值

How to add value of mean in number in violin plot using base R

label

r

mean

violin-plot