从 bed 文件中删除行

Question

我制作了这样一张床单

Simple_repeat   KQ420259.1  45090   45150   (TTAT)n .   +
Simple_repeat   KQ420259.1  46815   46864   (TG)n   .   +
Simple_repeat   KQ420259.1  47062   47104   (GT)n   .   +
SINE/tRNA-Deu   KQ420259.1  49227   49290   AmnSINE2    .   +
Simple_repeat   KQ416943.1  112522  112609  (ATAC)n .   +
Simple_repeat   KQ416943.1  113250  113283  (ACA)n  .   +
Simple_repeat   KQ416943.1  113283  113358  (ACT)n  .   +
Simple_repeat   KQ416943.1  117308  117357  (AC)n   .   +
Simple_repeat   KQ416943.1  117357  117435  (ACAC)n .   +
Simple_repeat   KQ416944.1  117964  118025  (TATG)n .   +
DNA/TcMar       KQ416944.1  121083  121651  HSMAR1  .   +
Low_complexity  KQ416944.1  124929  124970  A-rich  .   +

我会删除所有包含 KQ416943.1 的行。我不知道是否存在保留顺序的方法。我会感谢你的帮助。谢谢

Answer 1

试试这个：

grep -v "KQ416943.1" yourfile.txt > output.txt

从 bed 文件中删除行

eliminate rows from bed file

shell

file

bioinformatics